為避免南崁溪溪水受到污染及增加負荷，桃園市政府環保局正著手研議「南崁溪流域廢（污）水排放總量管制方式」，預計最快民國106年6月公告施行，公告後，南崁溪支流東門溪流域劃定為加強總量管制區，不得增加重金屬銅排放總量；廠商也不能再新設排放重金屬銅的工廠。
桃園市環保局表示，桃園市已經在今年2月3號率全國之先，針對新街溪及埔心溪流域需特定保護農地 水體公告總量管制方式，劃定總量管制區，緊接著為了減少重金屬排放總量，以確保灌溉水源水質無虞，目前也正在研議南崁溪流域廢（污）水排放總量管制方式，預計最快106年6月公告施行，目前南崁溪流域為重金屬銅總量管制區，既設事業不得增加重金屬銅排放總量，新設工廠排放標準將由現行標準含銅之最大限值為每公升3毫克提升至1.5 毫克 。
環保局表示，以南崁溪流域而言，一旦實施廢（污）水排放總量管制，約有200家事業單位會受到衝擊及影響，市長鄭文燦也指示環保局盡全力進行產業溝通，並鼓勵流域內每天排放水量大於500噸的大型既設事業自主進行重金屬銅之減量。