根據環保署的監測，每年在中秋節前後因為烤肉的緣故，全台空氣中的懸浮微粒、一氧化碳都會明顯上升。
成大環境醫學研究所教授李俊璋指出，烤肉時由於使用炭火燃燒，會產生不少 空氣汙染物，他建議烤肉時最好戴上口罩。他說：『(原音)其實能夠不烤肉是最好不要烤肉，最大的危害來源是木炭的燃燒，因為木炭是缺氧燃燒，所以會產生多 環芳香族的碳氫化合物，還有一些一氧化碳，所以烤肉希望在通風良好處，讓這些汙染物能盡快散掉，烤肉者最好戴活性碳的口罩。』
除了空氣汙染問題外，吃下肚的烤肉食材也必須謹慎。衛生署表示，統計近30年台灣食品中毒案件數量，每年的9月、10月都是高峰，與中秋飲食脫不了關係。
食品藥物管理局營養師陳怡婷就建議民眾，在烤肉食材的選擇上盡量與生鮮為主、塗抹烤肉醬之前最好稀釋2到3倍，減量用量，避免鈉含量的攝取過高。
