德國是一個人口密集的國家，而且自然環境大多已被高度開發利用；為了保護目前僅存珍貴稀有的自然環境生態，德國政府在從事相關工程時，更加著眼於以生態為導向的思維。2006生態工程國際研討會上，德國聯邦水資源研究所所長Volkhard Wetzel首先介紹德國的現狀，接著便以其河溪生態工程管理的專長介紹德國的生態工程。
他說德國的河川早年有嚴重的污染問題，廢水排放在直接污染水質之餘，還會大量耗損水中的含氧量，更進一步加重生態威脅，尤以昆蟲受到的衝擊最為劇烈；也因此，像萊茵河在1955年時，其生態物種曾一度降至40種，後來蓋了污水處理場，污染情況漸獲改善後，於1980年時物種因而回復至150種。
為了努力尋求人為建設與自然環境間的平衡點，除了改善河溪污染外，德國也同步致力於生態工程上的各種努力。Wetzel教授說，目前德國聯邦水資源研究所已發展出許多方法與施工維護技術來降低生態衝擊，以及重新恢復河溪與河口的生物結構多樣性。他進一步舉例說明，為了改善因為航運功能而造成河川棲地單一化的問題，可以人工構造物（例如在離河岸一段距離處、以平行河岸的方向搭建出延伸的蛇籠）創造出淺水域的棲地環境；事實上，德國法律也明文規定，對於因人為因素造成生態環境上的衝擊，必需進行相關補救及改善措施。
其他像是為了提供遷徙性魚類繞道使用的魚道，也已行之有年，並且相當成功；例如為了降低因水力發電廠所帶來的負面影響，於萊茵河所設立的魚道，從2000年7月完工後，到2001年12月為止，已監測到有33種魚類順利使用此一魚道，而這個魚道的設計是結合工程師、生物學家與管理者的共同研究成果。
除了生態補償外，施工前須先進行附近生物相的調查，以及針對不同工法進行相關生態影響的試驗研究；例如分段式的水制工（削減水流能量的設施），因為較一字式的水制工更利於迴游性魚類的生態習性，而獲得採用。另外，為了避免河床下降及淤積問題，需定期清理淤泥，而如果所清出的淤泥有污染問題，還需額外編列經費加以處理。
事實上，Wetzel教授表示，在德國，除了需遵循聯邦水資源研究所訂出之河岸管理規則外，還要符合歐盟的水資源綱要指令，這個綱要指令，涵蓋表水及地下水，目的在於保護及改善歐洲整體的水域生態系統，以及確保水資源的永續經營管理；各會員國需將此綱要指令融入該國的國家法律中，然後訂出整合性的政策。
歐盟並訂出2015年底前，各會員國的水域環境需達於具備良好生態條件的目標：源自人為干擾所造成的水域生態環境，需與未受干擾前的狀態間沒有明顯差異；同時對於跨國家流域的河流，需有整合性的共同計畫加以執行。在未來的研究方向上，需要投注於因為氣候變遷所造成的全球暖化問題，所可能對於水域生態環境帶來的衝擊效應，以為提供相關改善對策。
