特有生物研究保育中心為瞭解藤枝地區的生物多樣性，自1995年中海拔試驗站成立，便投入長期的生物資源調查工作，多年來每月執行昆蟲相調查，收集相關資訊，成果豐碩。該區所記錄到的昆蟲超過一千種，其中鱗翅目共記錄770種，常見包括圓翅鉤粉蝶、散紋盛蛺蝶、多姿麝鳳蝶、帶紋蝶燈蛾、佩裳蛾等，每年的5至6月於林道上可見大量的紫斑蝶遷徏；鞘翅目共記錄429種，如台灣特有的高砂深山鍬形蟲、紅圓翅鍬形蟲、台灣長臂金龜、台灣鍬形金龜等為本區較常見的中大型甲蟲，另螢火蟲共記錄24種，夏天以紅胸黑翅螢，冬天以鋸角雪螢居多。
藤枝地區在莫拉克風災後，對昆蟲的影響甚大，各類群記錄到的種數與族群數量不若以往，但藤枝林道18K處以後因崩塌嚴重，車輛無法通行，大幅減少了干擾，也讓野生動植物獲得喘息及休養的機會，令人雀躍的是，104及105年度相繼發現本區首次出現的新紀錄種，如樹皮螳、梭德氏脈翅螢及黃帶長角蛾，可見生態系已嗅出生機，至於未來是否會有更多的驚喜，就有待研究人員做進一步的觀察。
