石門水庫水位持續下探，新竹苗栗的水庫水情也一樣嚴峻。農委會14日宣布，桃竹苗地區第二期1.9萬公頃農田實施停灌，其中水稻就占了1.3萬公頃，補償金會以農家賺款的105%、加上生產成本來發放，約每公頃10多萬元，農委會表示這是最照顧農民的補償方式。
不過桃竹苗水稻正值抽穗期，再過一個月左右就能收成，桃園農民指出這樣等於心血白費，代耕業者則認為若地主與耕作者非同一人，誰領補償金恐有爭議。而米穀商業同業公會全國聯合會也批評，停灌會造成加入契作的農民無法供貨，對整個產業是打擊，牽連後端加工業者。
此次補償總金額粗估超過10億，由用水單位負擔，農委會指出，此時是停灌最好的停損點，但遭質疑是否犧牲農業？副主委陳駿季強調，此次停灌不會導致糧食安全問題，是經過綜合評估才做成的決定，並非犧牲農業。