臺南市多年來在河川污染整治的努力，終獲得相當成效。環保署發布全國嚴重污染河段長度降幅最大的5條河川，其中流經臺南市主要河川二仁溪由100％降至35.3％，改善幅度高達64.7％，好成績居全台之冠，鹽水溪亦由68.5％降至34.6％，改善33.9％。
環保局表示，許添財市長上任後，對二仁溪、鹽水溪水質污染無法突破改善，一直耿耿於懷，除積極要求環保局擬定整治策略，許市長本人亦針對改善提出具體可行之配合方案，諸如與地檢署、警察局、臺南縣環保局、環保團體等結合，共同打擊環保犯罪；加強和順工業區稽查管理與推動聯合污水處理等，加上環保人員全力執行下，河川改善終露曙光。
環保局為持續河川污染改善成效，在局長張皇珍帶動規劃下，97年度提出以源頭減量、水質改善、河川清淨為主軸之河川整治願景3大方向，並配合20項執行策略，期能達成這些願景。
在源頭減量部分，積極掌握台南污水處理廠興建工程與下水道接管、加強社區污水操作稽查與生活污水減量宣導（落實化糞池功能提升）、以科學儀器協助稽查監測與終止偷排污染、加強和順工業區稽查管理與推動聯合污水處理、推動跨縣市聯合稽查作業方式改善跨流域水質（台南縣市合作）、加強事業污染源稽巡查及放流水採樣、辦理廢(污)水處理設施功能評鑑作業。
在水質改善部分，進行鹽水溪安順排水污水廠水質改善工程維護、進行二仁溪虎尾寮污水廠水質改善工程維護、加強灣裡社區人工溼地工程維護管理、進行安平污水處理廠水質淨化工程、規劃主要河川週邊排水截流處理（含台南市運河兩岸污水截流工程）。
在河川清淨部分，設置河面垃圾攔污柵、加強河岸面垃圾清除與取締工作、二仁溪下游沿岸非法廢棄物調查與清理規劃（台南縣市與高雄縣合作）、成立河川巡守隊協助淨川與加強污染通報、透過新聞媒體宣導愛護河川、結合臺南地檢察署發起環境結盟機制（台南縣市合作常態組織）、結合警力打擊環境犯罪，加強運河景觀藝術與生態。
