目前山東省南水北調沿線治污工作雖然取得了明顯成效，但依然存在諸多問題，主要表現在調水沿線農業面源污染問題逐漸凸顯、湖區內投餌性漁業養殖未根本解決、調水沿線城市建成區污水直排環境現象較為突出、調水沿線安全監管需進一步加強四個方面。
著力增強南水北調沿線水污染防治工作的實效，力爭在調水沿線率先解決污水直排環境問題。
據悉，目前，南水北調東線山東段已完成322個主體工程，沿線建成和修復溼地30.9萬畝，輸水幹線上的9個測點基本達到地表水三類標準，有效改善農灌面積200多萬畝。多年未見的小銀魚、毛刀魚、麻婆魚等敏感水生生物也重現南四湖。