距聯邦製藥泵房100公尺處水中的COD值高達4980mg/l，與環保部工業廢水排放COD標準相比，超標80倍。日前聯邦製藥因為違規排放污水以及被環保部門通報並處以重罰，這已經是該公司創建9年以來第8次被環保部門通報，原因無一例外是排污問題。
聯邦製藥(內蒙古)有限公司違法問題包括：違反《環評法》，新建沼氣燃燒項目未進行環評影響評價。違反《固廢法》，廢苯乙酸溶液未按危廢進行管理，暫存場所不達標，送德正化工(無危險處置資質)處理。
此外，在當地的污染處理能力尚未滿足聯邦製藥目前產能的情況下，聯邦製藥的四期五期工程產生的污染物或將面臨無法處理的情況。