抗蟲基改作物種久了之後，害蟲產生抗性，而能再度危害該基改作物的事件越來越多。美國Arizona大學農業與生科學院昆蟲系系主任Bruce Tabashnik與中國研究人員進行試驗，在中國研究棉鈴蟲在基改棉田中產生抗性的方式，發現方式有多種，認為這對農民、政府與基改企業而言都是警訊。研究者發現田間害蟲族群會出現了兩個互無相關，又是顯性的抗性突變，顯性突變會讓抗性害蟲更難防治，即使用庇蟲區也難以防止其擴散。目前中國北方所種的棉花超過90%都是基改，而北方的抗性棉鈴蟲較諸南方棉花多出三倍；中國南方的基改棉比率較低。
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