台中港務公司以推動台中港優質港區及綠色港埠為名，編列60億經費新建多項工程；又因行政院核定的港口範圍與白海豚重要棲息環境重疊，不斷以公文要求林務局預告的白海豚重要棲息環境修改範圍，而使得白海豚重要棲息環境至今未能公告。保育團體痛批綠色港口都是假、「浪費錢」。
白海豚重要棲息環境至今未公告 綠色港預計2016年底完工
白海豚重要棲息環境雖已預告接近半年，未能完成公告程序。林務局在最近一份新聞稿中表示，「預定範圍涉及國家重大工業經濟發展之區域等...已邀集經濟部及交通部等相關單位討論溝通，俟取得認同後儘速公告。」
保育團體點名台灣港務公司台中分公司以及工業局離島工業區執意開發，要求修改範圍。台中港務公司也承認，林務局預告的重要棲息環境，涵蓋了年前核定的台中港區預定範圍，因此要求林務局修改預告範圍。
台中港務公司套圖結果，未來港區將再往外擴張數十公里填海造陸，範圍遠超過離岸3公里。只是，研究指出，白海豚只能生活在水深不超過25公尺的海域，沿岸3海浬是牠們重要的棲息環境。
然而，台灣港務股份有限公司卻以「配合政府推動綠色港埠政策及台中港未來長遠發展」，提總經費約新台幣60億元的「台中港優質港區及綠色港埠發展建設計畫」於2012年9月5日報奉行政院核定。
計畫內容包括中泊渠東側護岸及18號客貨碼頭、44、45號一般散雜貨碼頭及南泊渠護岸、105號大宗散雜貨碼頭、公共倉儲設施等4項新建工程，以及南堤路海側堤基保護暨北泊渠底端水域欄柵拆除及浚挖工程。工程已於去（2013）年起發包施工，預計2016年底前完工。
環團：棲地切割 保育更艱鉅
媽祖魚保育聯盟理事長陳秉亨指出，白海豚已經因為六輕設廠，造成棲地切割，台大研究團隊所指出的南北兩個熱點，應是棲地切割效應所造成，也影響了遺傳基因無法交流，若因台中港務公司以新建工程阻撓，恐怕再造成棲地切割效應，保育更形艱鉅。
「其他國家的綠色港口是保育，台灣的綠色港口仍是工程思維」陳秉亨說，綠色港埠是假，浪費錢是真。
港務公司：種木麻黃就是綠色港埠
台中港務公司對於綠色港埠的概念，由以下引述文字可見：
「38年來本港從一片荒蕪到現在到處綠意盎然的景象，無異就是一部落實綠色港埠的工作史……光是修建環港路及南堤路工程，我們就種下近14萬棵樹木，剛才提到的北淤沙區也種下20萬棵木麻黃，到目前為止本分公司每年自行補植的數量也高達5000棵，對於會影響道路工程的大樹，我們更想盡辦法來加以保存，而留下美化的「大樹公」，深得地方人士的讚賞，連結中一路景觀自行車道成為地方民眾每日休憩運動的好去處。」
港灣生態景觀的概念則為：
「港區自行車道跨越濱海橋後銜接至高美濕地，遊客沿途欣賞各式意象景觀、風力發電景觀及溼地生態等多樣性之休閒遊憩空間，於中一路榕樹公園豎立石碑及增建遮風避雨設備，除美化榕樹公園整體景觀，碑文也記載大樹公歷史，包括當初留存、募款改建廟宇及治療褐根病等事件，以保存文化記憶並供遊客知悉大樹公歷史，增益港區人文及自然資產價值。」
另「為舒緩漂沙淤積問題，並擴大飛沙防護範圍，提升台中港營運環境，將北防沙堤循原堤線方向朝外海延長300m，以發揮攔蓄沙效果，提高北淤沙區儲沙能力；另2013年該區進行防風定砂工程，種植木麻黃28萬株，共新增綠地面積30公頃。」
港區與白海豚棲地重疊 工程師：甚感訝異
台中港務公司也將配合台中市政府辦理「梧棲觀光漁港建設美人魚碼頭等暨周邊設施相關工程」、「台中市白海豚生態館新建工程」以及「新建景觀橋暨海堤路景觀改善工程」，以提供民眾休閒遊憩空間。
根據台中港務公司總工程師，與記者「觀念溝通」指出，台中港是國內唯一的人工港埠，也是最大的人工港埠，在不可能興建港口的沙灘上所興建的大型商港，至今每年仍要花龐大的經費疏浚，在台灣須以外貿導向的國家，是一項了不起的工程，創造巨大的經濟效益。
目前在綠色港埠政策上，先以維護港口環境為優先，確實未做到「動物保護」；而港區範圍是由行政院核定，也曾徵詢林務局意見，對於白海豚重要棲息環境與港區範圍重疊，「甚感訝異」。
綠色港埠應提高生物多樣性 與環境共存
2011年交通部運輸研究所舉辦的『台灣綠色港埠建置』研討會論文集指出，「綠色港灣」或「生態港灣」根據日本國土交通省的定義，「生態港是政府意識對環境的責任，而提出『與環境共存（co-existing）』的港埠」。
報告中也指出「無論是「綠色港灣」或「生態港灣」，都是以改善港埠營運模式及港區環境為目的，強調港埠所扮演之角色不僅重視經濟效益，應能朝向發展低污染、高生物多樣性、復育環境、結合周邊社區利益等多目標性的港埠經營模式。」
在「台灣綠色港埠之發展」一文中，提到一項為期4年的計畫，檢視台灣港埠朝向綠港發展的重要議題，其中一項發展策略就是提高生物多樣性。
