針對邵先生的說法，我們提出兩點事實及三個質疑：
一、 畸形魚從1993年迄今都繼續存在是一個事實。全世界約430個正在運轉的核能電廠，水溫是大家共有的問題，但是只有本國核二廠出水口附近發生畸形魚，而且存在8年以上。如果單純是水溫的因素，按台電的說法，已把出水口做了重大的工程修改，且按邵先生的報告(畸形魚原因鑑定專案計劃期末報告書p.92)已完全改善了，為何尚有畸形魚？
二、 畸形魚的種類從原來的兩種-花身雞魚與豆仔魚，增為四種-增加了烏魚及虱目魚。邵先生文中說到，增加的這兩種畸形魚觀察到的尾數不過才2-3尾，並不嚴重。邵先生並沒有每天固定去觀察收集，而大海中之魚乃是游來游去並非在水箱中，有觀察到畸形是一個極大的警訊，不要等觀察到畸形人或惡性腫瘤或血癌再來收拾殘局就太慢了。
再者，談到產生畸形魚的原因，及誰該負起這個責任的問題：
一、 文中提到的37℃水箱畜養實驗也會產生畸形魚，我們認為這與天然情況不同。魚在田野或其它天然水域下，如果遇到水溫比較高的地方，若會畸形或痛苦，按常識牠會自行游到水溫較低的地方；而水箱是一密閉空間，魚類無法選擇其它水溫較低的空間生存；如果只用水箱實驗發現水溫升高會引起畸形魚，它只能說是可能原因之一。
二、 當要探討一個疾病之因果關係時，若排除病因，則此疾病就不再產生的話，方可下定論是由此病因產生這個疾病，否則仍應繼續找尋真正病因。本人從事職業病環境病研究二十餘年，曾在本國發現二十種以上的職業病及環境病，例如：發現某印刷廠中曾有15人發生肝炎，找到他們用的一罐清潔劑，後來證實為四氯化碳，經排除後此病不再發生；亦曾在黏扣帶工廠發現有10名員工患有氣喘病，後來證實為二異氰酸甲苯，經排除後此病不再發生；還有發現在北部某個鄰近鉛工廠的幼稚園學童有智商偏低的情形，經建議遷移此地後，則智商情形大部分恢復；及曾在6家印刷打樣廠發現30餘名神經病變個案，後來證實為正己烷，經排除後此病不再發生等，都是由此方法得到結論。如果就邵先生所聲明「水溫是唯一引起畸形魚的原因」，那為什麼在水溫情形改善之後，畸形魚仍繼續存在著呢？我們並不是堅決認為畸形魚一定就是因為輻射所引起，只是希望能夠在水溫假說未解決問題時，應該趕緊去探討是否有其它因素導致畸形魚的產生，以便解決問題。
三、 在1994年時，邵先生提出水溫假說，我們並未全然質疑；不過我們一直在等待水溫改善後，畸形魚的消失。如此等了八年，畸形魚仍繼續存在，表示水溫假說已被推翻！若邵先生還堅持水溫假說，就應該呼籲全國人民監督台電公司負起改善的責任，還給台灣人民一片沒有核污染的淨土，而非一味地指責別人誤導。如果核二廠連排放水之水溫問題都解決不了，就表示核二廠的環保績效是全世界最差的。無論如何，我們都希望政府及台電趕快重新研究此問題，找出真正原因，來預防畸形魚的產生。
相關文章：
＊秘雕魚確係高水溫所造成，非關核污染
