俄羅斯自然資源部根據俄羅斯總檢察院的要求，在9月19日撤銷了先前對日俄合作進行的「薩哈林2號」專案二期工程的國家生態鑒定結果，「薩哈林2號」石油開採專案不得不因此停止作業。俄羅斯聯邦自然資源部評估「薩哈林2號」專案所造成的生態損失將可能達到500億美元。
俄羅斯聯邦自然資源部表示，「薩哈林2號」專案整個天然氣石油管道鋪設地帶（750公里）的管道鋪設寬度超過允許寬度120米，而相關的開發與施工將使鄰近的海灣、森林資源被破壞，魚類產卵的河流被毀壞。該部門並要求，俄羅斯聯邦資源利用監督局的監察人員應該在10月20日前根據對「薩哈林能源公司」實施「薩哈林2號」專案工作檢查的結果做出決議。那時將對該項目的生態鑒定做出最終決定。計算總損失時將把給島嶼自然環境已經帶來的損失和國家為採取恢複自然的措施將不得不投入的資金數目都包括在內。
「薩哈林2號」專案是俄羅斯與外國企業最早在石油、天然氣領域開展國際合作的一個重大專案。1994年6月22日，俄羅斯政府和薩哈林州政府代表石油、天然氣資源的所有者，與三井物產株式會社（持有25％的股份）、三菱商事株式會社（持有20％的股份）、英荷皇家殼牌公司（持有55％的股份）組成的「薩哈林能源」投資公司簽訂了「產品分成」協定。
根據俄羅斯能源生產的明確規定，石油、天然氣開採和運輸專案必須透過國家生態鑒定。備受矚目的「東西伯利亞至太平洋石油管道」專案就是一個例子，這條管道的業主俄羅斯石油管道運輸公司為了避免給貝加爾湖生態環境造成影響，在專案的設計中就曾幾次修改管道路徑。
據瞭解，俄羅斯政府因生態原因叫停「薩哈林2號」專案並非出於政治原因，而是有其經濟上的深層考慮。俄羅斯當初願意和外國企業按照「產品分成」方式合作，是因為俄羅斯缺乏開發當地油氣田的資金，同時也是為了避免油氣勘探、開發的巨大經濟風險。此後，「薩哈林2號」的進展一直非常順利，專案所屬油氣田的石油和天然氣探測到的儲量分別達到1.5億噸和5,000億立方米，可謂是一塊不可多得的肥肉，俄方這才意識到，「產品分成」協定在規避風險的同時，也讓出了過多的利益。但「薩哈林2號」專案已經生米煮成熟飯，俄羅斯不能單方面改變「產品分成」協定的合作方式。因此有分析顯示，俄羅斯此舉的真實目的其實是為了實現「薩哈林2號」專案經濟利益的重新分配，增加俄方的獲利比例。
