2006年10月，台北市政府在寶藏巖舉辦了最後一次「台北尋寶」活動，緊接著寶藏巖60多戶居民，在市政府安置計畫下搬離自己的家，以便讓市政府進行各種修繕改建工程，這看似美好的計畫卻遭遇質疑。寶藏巖，台灣第一個被指定為歷史聚落的違建社區，社區的連結是否將在這次搬遷後被架空？誰來決定寶藏巖的未來？
當跨年的煙火在台北綻放，寶藏巖的夜晚卻顯得有些寂寥。面對即將被斷水斷電的房舍，於伯伯有一肚子的怒氣：「如果強制執行，我有辦法對付他，我把家門口攔起來，不准他進來。這是我的地方，我不給他修理。」
2001年，於伯伯花了85萬跟朋友買了寶藏巖這十幾坪的小房子。一張手寫的契約，是於伯伯所能拿出的唯一權利證明；但這一只契約卻無法改變政府對違建的認定。
過去違建總被視為「都市之瘤」，阻礙了都市的發展，而違建聚落更是政府極力消除的目標。拆除違建興建公園，以「都市之肺」取代「都市之瘤」，是許多市民的期盼。在這樣的思維下，大安森林公園與十四、十五號公園誕生了，寶藏巖也在1980年被規劃為公園預定地。但將弱勢居民連根拔起，總是引爆激烈的抗爭。
2002年4月，台北市政府以淹水為由，拆除了寶藏巖聚落緊鄰河邊的38戶違建。拆除行動帶給寶藏巖很大的衝擊，在居民不斷的陳情，以及台大城鄉所師生的努力遊說下，政府部門對寶藏巖有了新的看法。
寶藏巖成為台灣第一個被指定為歷史聚落進行保存的違建社區。在台北市政府文化局的規劃下，未來寶藏巖將是結合住戶、藝術村與青年旅館的「共生聚落」。
為了營造寶藏巖美好的願景，市府決定花費2年時間進行水土保持工程，重新整修寶藏巖的老舊房舍。為了讓工程順利進行，政府要求居民在2006年年底全數遷出，市政府提出的安置措施有3種：一是領取72萬的行政救濟金﹔二是領取36萬救濟金，2年後可再搬回來﹔三是選擇搬到一旁的中繼住宅。但是選擇二、三方案的住戶只有30戶左右，因為房間有限，真正住到中繼住宅的只有16戶。
在符合市政府安置條件的居民當中，半數的居民選擇72萬的行政救濟金，不再搬回來。因為未來搬回來後不但要每個月繳租金，第二代也只能繼續居住12年。寶藏巖公設成員紀岳君認為，這些方案看起來讓居民有選擇空間，其實只是變相的驅離住民。
年底搬遷的期限已到，卻仍然有十餘戶居民不願搬遷。居民對政府的不信任由來已久，政策的執行與當初所宣稱的夢想又存在很大的落差。當初想要進行保存聚落的美意，到了最後似乎有些變調。林芳正指出由政府力量介入進行聚落保存的兩難：「政府力量介入之後，所有制度設計都要看資源分配的公平性。為什麼國家要提供資源給這些人，他當然要需要經過某些條件設定，比如說原始這裡的出發點是要照顧弱勢居民，未來寶藏巖房舍出租對象還是以弱勢居民為主。」
只有弱勢居民該留下嗎？由藝術家與學生組成的寶藏巖公社，對這樣的聚落保存政策提出質疑。寶藏巖成員劉益誠說：「這個社區可以分十類人，他們就只挑兩類人來做保存，其他的人我不確定是什麼原因，基本上就被排除掉了。」
3年前，市府文化局長廖咸浩曾表示：「現在居民所形成的社區及精神必須被傳遞下去，目前留在裡面的居民，我們不會再往外安置，因為其實他們是這個社區的骨幹，這個社區之所以保存是因為他們。」
寶藏巖的共生夢想落實了嗎？在法規與制度的層層設限下，市政府與規劃團隊認為已經做了最大的突破，也創造了違建居民現地安置的先例；但當大部分居民往外搬遷，原本的共生網絡勢必難以延續，所謂社區精神的保存是什麼？徘徊在歷史聚落與違建之間，寶藏巖的前景，似乎讓人更看不清了。
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