高雄鐵路地下化去年10月通車後，因南迴線柴油發電列車經過時排出廢氣，導致高雄與鳳山站地下月台細懸浮微粒PM2.5濃度瞬間飆升，有學者率領團隊隨機挑選2天實地檢測，發現柴油列車進高雄站時超過環保署的標準17倍。
站務人員表示，平日柴油車約15、16班，假日近20班，每次柴油車進站，隧道內一片煙霧瀰漫，尤以擁有3節車廂的自強號排煙狀況最嚴重。空氣中瀰漫柴油味，不少民眾或台鐵員工只好戴口罩防護。環保聯盟屏東分會創會會長洪輝祥表示，台鐵鳳山站與高雄站對台鐵員工來說幾乎是危險職場，戴口罩自保只是消極性作為，應加速汰換柴油列車，目前有地下化站體的車站，都不應行駛柴油列車，讓乘坐旅客與工作人員承受健康風險。
近期有中山大學的老師帶領團隊前往高雄車站與鳳山車站進行細懸浮微粒PM2.5檢測，發現在9月4日與9月7日這2天，若不分車種，列車進高雄站時，PM2.5數值每立方公尺平均升高10到50微克，若是柴油列車進站，瞬間濃度更可達100到600微克，高雄站最高更一度測到611微克，超過環保署空氣標準值35的17倍，而列車離站後要5到10分鐘，才能讓濃度下降至一般值。
中山大學氣膠科學研究中心主任王家蓁說：「當柴油車進站的時候，它會瞬間飆到每立方公尺好幾百個微克，那對於人體的呼吸道，一定會有相當程度的影響，特別是柴油車所排放出來的。」另外，鳳山站務辦公室平均濃度約為22，雖在標準以內，但屬密閉空間，相較開放式的地下月台平均濃度11卻高了1倍，王家蓁認為恐怕造成站務人員健康風險，建議台鐵應該加強抽風、通風設施以保障員工健康。
根據國外研究顯示，PM2.5濃度每立方公尺上升10微克，會大幅提高健康風險，導致肺癌罹病率提高百分之16，並提高慢性肺阻塞致死率百分之2.5，心肺疾病致死率百分之6、肺癌致死率百分之8。
台鐵表示，高雄、鳳山站都有加強通風並隨時更換空氣濾網，更發放可防護99%的克微粒薄膜立體口罩供員工使用，確保他們的健康，不過想要完全改善，恐怕還是得等南迴鐵路電氣化全面完工才有可能。
