因開發過度、利用過度、污染過度，長江的水域生態環境受到破壞，長江水生生物鏈中上、中、下端的各物種資源正處於全面衰退之中。
日前，在貴陽召開的首屆赤水河流域發展與保護高峰論壇上，長江漁業資源管理委員會專家趙依民說，長江作為生物基因的寶庫，水生生物資源正呈現出急劇衰減的趨勢，不少物種瀕臨滅絕。其中白鱀豚處於極度瀕危狀態﹔白鱘已經難覓其蹤跡﹔聞名遐邇的長江鰣魚更是絕跡多年﹔水中活化石中華鱘數量也急劇下降，並有繼續減少的趨勢﹔許多種類的魚苗量也自2003年開始銳減，2004年至2006年的平均魚苗發生量僅為2003年前的10％。