民間籲請立法院刪除95年度水利署湖山水庫工程預算4.5億，要求行政院重新檢討本計畫，並依法從集集攔河堰每日供水20萬公噸，提供雲林地區民生用水，勿以湖山水庫之興建進度推拖卸責。其理由如下：
一、雲林民生用水不虞匱乏
政府說，蓋水庫是為了提供民生用水，怕雲林人喝地下水得烏腳病，但是，根據國民健康局（2003）的資料顯示，全台烏腳病患者共223人，其中以台南縣最多共有128人，嘉義縣次之69人，雲林縣僅有3人。要解決徹底烏腳病問題，關鍵在於提高自來水普及率，目前雲林縣約有5﹪的人直接飲用地下水，如果要馬上改善，就好的方法就是配好管線，直接調撥集集堰的水供應 。
而在供水量方面，林內淨水廠預計於今年（2005）底開始引用集集攔河堰之供水，每天供應20萬噸之民生用水，如果計畫沒有跳票，今年底雲林民生用水就可全面使用地面水。依據集集攔河堰運作要點及水利法第18條「民生用水為最優先之用水標的」之規定，集集堰本就應該提供雲林民生用水。如果政府真的重視雲林的民生用水，早該直接從集集堰供水，為什麼非得等到7年後湖山水庫完工再來處理？豈不是拿人民的生命安全開玩笑？
二、湖山水庫將加速雲林地層下陷
雲林縣地層下陷的主要因素是來自地下水超抽，縣政府表示，該縣約有10萬口水井，其中合法的只有4,000口，違法者占95％以上。要解決地層下陷，最重要的是進行地下水井的全面普查、管理，減少使用量，增加地下水補注量，而非建湖山水庫。
同時，根據中央地調所的報告指出，集集攔河堰已使濁水溪對下游的的地下水補注功能大為降低；同樣的，為湖山水庫而興建的桶頭堰預估每年將從清水溪抽掉近一億噸的水，如此一來，由於地下水補注跟著減少，湖山水庫不僅不能減緩地層下陷，反而會使地層下陷更加惡化。
三、湖山水庫破壞生態環境至鉅
在政府和民間的調查下，水庫預定地動、植物的名錄不斷擴充，越調查越多，根據開發單位最新的生物資源調查和民間的補充顯示，這座水庫的興建至少將使316種植物、81種鳥類（包括全世界已知分布密度最高的八色鳥，保育類的藍腹鷴與朱鸝）、12種二級保育類等、22種哺乳類動物、32種爬蟲類動物、22種魚類、22種蛙類（全台僅31種）遭受威脅，更可能破壞紫斑蝶過境的之廊道，建水庫將摧毀此一珍貴的低海拔生態基因庫；另外水庫預定地內有雲林地區美麗的自然風景如幽情谷八景、迷人坡、回音谷、倒傘天、情人床、鐵礦泉、情人峽、露營地、不知春等，也將因水庫興建而毀滅。
四、地質安全堪慮
湖山水庫壩址周圍50公里內的活動斷層有大尖山、梅山、觸口、車籠埔、大甲及木屐寮斷層，九二一地震後更發現，「車籠埔斷層」距離大壩東側僅約5、6公里；「桐樹湖斷層」距大壩西側僅1.8公里，皆為活動性高的斷層，恰恰由東、西兩側夾擊著湖山水庫。但是，上述二個重要的斷層帶，並未納入環境影響評估報告中。
1999年9月21日的集集大地震，已迫使計畫中壩高166公尺，容量1.315億立方公尺的瑞峰水庫不得不興建放棄。然而，同樣位於地震帶的湖山水庫卻仍按照原訂計畫執行，誰能保證不會有下一個九二一地震？
五、桶頭堰將成攔砂壩
湖山水庫取水的攔河堰設於南投縣竹山鎮桶頭，用以攔截清水溪之水，再以引水路注入湖山壩中。然而，九二一地震後，清水溪上游累積了至少1億2,000萬立方公尺之土石，正不斷往下游流動，最直接的證據是「新草嶺潭」已陸續因桃芝颱風、敏督利、海棠等颱風將之填平、完全消失。未來，這些源源不絕崩積的砂礫土石，將隨著大雨或洪水沖刷，讓下游的桶頭興建攔河堰變成攔砂壩，進一步降低水庫的壽命。民間擔心此壩162億的經費就此虛擲，只換得浪費公帑、破壞生態、圖利財團的罵名。
六、全民補貼少數的財團，違反公平正義
水是流動，可以進行調配的，如果不是新增的需求，根據不需建水庫。
2005年，經濟部長何美玥已明白表示台塑大鋼廠、國光石化兩大投資案工業用水以開發湖山水庫為主。然而，政府為了離島工業區的用水，至少已花了258億元蓋了集集攔河堰及其後續工程，未來還要花94億興建麥寮人工湖，以及162億元建湖山水庫，如果這些都完工，可見的工程支出將高達500多億元；另一方面，政府為了吸引台塑的投資，每度水只賣3.3元，若以每日用水30萬噸來計算，相當於全民每日補貼台塑的用水費200多萬，每年約達7.3億，水用得越多，台塑賺越多，人民損失越多！建水庫就是由全體納稅人補貼極少數的財團，完全違反社會公平正義。
湖山水庫之興建爭議，從2002年起至今已逾4年，民間籲請立法院：
一、決議要求行政院研擬依行政程序法第123條第4&5款，廢止原行政處分─環保署（89）環署綜字第0026821號公告：「雲林縣湖山、湖南水庫計畫環境影響評估報告書審查結論」，並根據環境變動與新事證重估本案，以免浪費國家社會資源。
二、刪除經濟部水利署本年度湖山水庫預算4.5億。
三、凍結經濟部水利署本年度集集攔河堰預算5.5億，並要求水利單位依法（及依原計畫）儘速從集集攔河堰每日供水20萬公噸，提供雲林地區民生 用水。
※全國反對湖山水庫聯盟：
台灣生態學會、靜宜大學生態學研究所、雲林縣野鳥學會、梅林社區發展協會、雲林環保聯盟、台灣永續聯盟、台灣生態學會雲林工作站、台灣蠻野心足生態協會、台灣動物社會研究會、台灣綠色和平組織、台灣環境保護聯盟、高雄市教師會生態教育中心、洪雅書房、北港文化工作室、雲林自然讀書會、北港溪雜誌社、雲林縣鄉土發展協會、舊監社造工作隊、台南市社區大學研究發展學會、台南自然讀書會、台杏文教基金會、美濃愛鄉協進會、台南市環境保護聯盟、台南縣環境保護聯盟、中華民國崑山山岳協會、嘉義旅外文化觀察團。
