八八水災之後，南部降雨量驟減，缺水問題引起全國關切，而曾文水庫、南化水庫蓄水量更減少一半以上。水資源保護為全民共識，然而環保團體卻發現，水利署自來水費徵收水源保育費近30億，有極高的比例用於裝潢、設備、宗教活動、旅遊及工程開發，還有帳目不清等現象。在國際水資源日前夕，環團與多名立法委員19日在立法院中興樓召開記者會，要求水利署公佈水源保育費之帳目，並檢討水資源保護費使用是否符合目標，於一個月內提出答覆。
台灣電磁輻射公害防治協會理事長陳椒華2月底拜會經濟部水利署，對於烏山頭水源標準超標，欲進行調查，水利署回以沒錢，陳椒華對此感到懷疑。既然自來水對全民徵收水源保育費，何以得此答覆。於是進入經濟部水利署網站了解水源保育費之用途，發現十幾個水源區帳目不符、帳目不清；更發現使用項目與比例，違背水源保護之初衷，一半以上用在買電腦、監視器、旅遊、寺廟綠美化，工程費甚至超過5成。
陳椒華質疑，政府向民眾收取近30億「水源保育費」，真正落實於水源保育工作卻不到2%，如何取信於民？
立法委員黃淑英認為地方申請浮濫。立法委員葉宜津也自承心虛，曾看到符合規定就蓋章，不知不覺成為共犯。她要求行政部門修法，限制經費使用項目，沒標準就會用在奇怪的事情上；立委賴清德則認為應追究水利署責任。
立委田秋堇說水利署正式報告中明白表示，八八水災之後，曾文水庫蓄水量剩下37%、烏山頭48.8%。對於不到2%用在保護水源，直批「離譜」。她說，政府應該把錢拿來購回水源保護區內不耕作的老農地、無用之地，把土地保留下來；或協助繼續經營的農地，改為綠建築、有機農業等不會傷害土地和環境的耕作方式上，輔導他們轉型。此外，田秋堇建議開國際研討會尋求水資源國際專家的意見。
水利署保育事業組長張延光表示，2004年「自來水法」修訂時，所增設的這筆經費之名稱為「水源保育與回饋費」，換言之，此經費使用目標為「保育及回饋」，並明文規定有8個項目可申請支用，但並未規定比例，此項應可再討論。對於網路上公佈的預算，表示「合乎會計制度」。
對此說明，田秋堇認為經濟部既然「抽頭」，自水源保育費每年收取5%行政費用，怎能不管理也不監督。她表示應修訂要點，至少將經費中的10-20%做水源保護。
田秋堇表示，50%水保費是法所規定不可挪用，用途與目的也應上網，並優先保護整個河川流域。環團則要求，此費用在帳目不清情況下，應先停徵，而上網資訊應包括憑證。最後要求經濟部針對水源保育費每年收取5%行政費用如何使用、帳目不符的部份要求交代清楚，水利署應盡速處理並於1個月內回覆。
