曾文水庫越域引水工程在八八風災時疑似造成小林村滅村，行政院於2009年9月28日要求水利署停工，以10年時間觀測災後改變再決定是否繼續施工。水利署南區水資源局日前提出，災後造成隧道部分擠壓變型，地質參數改變，要將已施工的西引水隧道襯砌斷面從原來的馬蹄型改為圓型。
這項工程編列3.6億元，看起來似乎是個小工程，但爭議是，在經過八八風災後，政府至今無法釐清小林滅村是否與曾文越域引水工程有關，這項工程已普遍讓民眾不信任，而行政院也已決定用10年時間觀測這項工程的可行性，在此之前按理說任何小工程都不應該進行，為何此時跑出來這項工程？
環團：大工程不確定 不應進行小工程
8月26日環保署環評專案小組審查這項變更時，台灣水資源保育聯盟發言人陳椒華質疑，曾文越域引水工程經過地質敏感地區，未來如再發生大的土石流，這項工程不是白做了？當初說馬蹄型好，現又變成圓型，你能保證變圓型就沒問題？既然政府已決定用10年觀測，任何工程等10年再決定並不遲。
水利署南水局主任工程司林元鵬說，把馬蹄型改成圓型，主要是針對八八風災前已施工的西引水隧道做防災補強，不涉及曾文越域引水工程復工。但環團質疑，在未確定曾文越域引水工程是否可行前，任何工程都是預算的無底洞。
陳椒華表示，環保團體每次要求進行降低漏水率、做節水措施、海水淡化等水資源替代方案，但水利署都說沒有錢，但卻有錢投入在不可信的工程上。
南水局：變更後結構安全性比較好
南水局表示，八八風災後重新檢討隧道支撐系統的安全性，發現西引水隧道受到地下水入滲影響擠壓變形，最大總外壓約0.64MPa（壓力單位），原設計的馬蹄型斷面第H級內襯砌設計最大荷重0.71MPa，只略符合需求，改成圓形斷面可荷重1.00 MPa，結構安全性比較好。
有環評委員也質疑這項工程的合理性、以及必要性，而且水利署提出變更工法的理由是因為八八風災導致隧道環境改變，所以依環評法應做「環境差異分析」，而不是只做簡單的「變更內容對照表」，未提供詳細資料，如何評估？
審查結論：補件再審
多數環評委員只做書面審查，提出一些施工的安全問題，並未質疑曾文越域引水工程在八八風災後的可行性、以及此時進行這項工程的合理性。
不過環評會主席李培芬會後還是決議南水局不必做環境差異分析，但必須再補充詳細內容、環境監測資料、可能的環境衝等再審。
曾文水庫越域引水計畫
位於高雄市桃園區、那瑪夏區、嘉義縣大埔鄉，工程包括荖濃溪攔河堰及附屬工程、東隧道工程、旗山溪跨河工程、西隧道工程、草蘭溪出流既輸水工程等等。92年通過環評，98年八八風災工程重創，外界質疑是小林村事件主因。
行政院於2009年9月28日核定「維持停工狀態」，99年行政院又復核第一階段五年方案，在草蘭溪辦理防災安全措施。水利署因此提出西引水隧道工程改變。
林元鵬表示，曾文水庫的庫容量大，但因水量不足利用率低，因此想到從高屏溪支流的荖濃溪、旗山溪越域引水到曾文水庫，每天可增供60萬噸水。
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