基礎調查不足 論罪言之過早
近日有媒體依據東海大學生命科學研究團隊在玉山國家公園監測3年的結論報導台灣水鹿因天敵雲豹絕跡後，造成族群大繁殖，10年來增加4-5倍，不但啃樹皮造成高海拔的二葉松、台灣鐵杉以及冷杉等樹種受波及，此外，翻食垃圾、接受登山客餵食，漸漸失去原有的求生能力，報導將之形容為「台灣獼猴第二」，說水鹿群數量短期擴大，不僅造成棲地食物短缺、生態失衡。
另一方面，水鹿的生存威脅並未減少。根據台灣的國家公園網頁則說「水鹿受到狩獵壓力和棲息地的破壞，使得中大型哺乳動物的分布越來越侷限在高山地區，目前水鹿基礎生態的研究仍嫌不足。」幾位學者也認為報導所指涉的現象是區域性的，不該一概而論。
水鹿來了
台灣水鹿原本分布在海拔300-3000多公尺一帶，屬於哺乳類保育動物，學者表示，水鹿適應能力強，若非獵捕壓力，是不需要往高海拔移動的。屏東科技大學野生動物保育研究所教授裴家騏表示，某些地區的水鹿近年來確實比較常見，甚至有增加的現象，但全台或整體數量是否有增加則不確定。
「水鹿保育和數量無關，台灣卻太在乎，只看這件事。」裴家騏表示，保育必須要看對象，除了瀕危物種，否則都應該站在生態系健康與否來看。
瀕危物種確實應考量數量以及分布範圍，族群是否能永續。但水鹿不是瀕危物種，不是看數量，而是整體棲息地，森林生態系之健康以及生物多樣性樣貌。
單一物種的增加是有可能排擠其他物種，而優勢物種的產生和環境的變遷有關，包括人類使用環境的態度，都有意無意間造成這個結果。
鹿科動物，如梅花鹿、水鹿，雖對環境造成影響，但也須評估環境恢復能力，例如水鹿雖將此地林木啃食殆盡，但是牠們可能會遷移到別處，讓此地有恢復的機會；或不會遷移，則水鹿族群可能會隨著食物減少而式微，這些都是自然規律。
開始適應有鹿的森林
裴家麒認為，以目前的生態環境而言，中低海拔已非水鹿可擴張之地，棲息環境少很多，因此，需了解中高海拔植被之關係。
長期於野外進行水鹿研究調查的台灣大學動物研究所博士林宗以推估，玉山上的台灣水鹿十多年來至少增加3倍，他發現玉山山區中的南二段、新康橫斷步道沿線兩側10公尺的樹木，都有遭水鹿啃食樹皮及磨角的痕跡，總數逾8000棵，多為台灣鐵杉，其次為台灣冷杉等，認為放任族群恐怕影響鐵杉族群。
但是，水鹿與森林共同演化的過程，到底發展了哪些默契，並沒有科學研究論證，台灣即使早期島上滿是鹿科動物，仍留下這片原始森林。太魯閣國家公園保育課長陳俊山即表示，目前的狀況到底好不好，有待論證。
抑制冷杉，玉山圓柏得喘息
嘉義大學森林暨自然資源學系暨研究所助理教授詹明勳研究團隊在海拔3742公尺的南湖大山（和雪山圈谷同為冰河時期遺址聞名）所進行冷杉推移以與玉山圓柏的關係，初步觀察水鹿族群喜歡棲息在冷杉與玉山圓柏混合林中，研究團隊也發現，玉山圓柏多為大樹，沒有小苗，而冷杉的則老、中、小苗都有，但水鹿踐踏啃食冷杉小苗，會抑制冷杉推移的速度，反而提供玉山圓柏喘息的空間。
詹明勳也從調查中發現，有些高山樹種的年輪出現的傷痕，疑似來自風雪或水鹿啃剝，雖使得樹木長大的速度減緩，終究挺過來了。
以狩獵抑制水鹿並不妥
水鹿的族群數有沒有增加，對於森林生態系的影響如何，目前尚未有全面的綜觀，卻有學者主張「仿效國外在一定時間或區域開放獵捕，讓人類扮演天敵，防止生態失衡。」
林宗以表示，目前水鹿全世界的族群趨勢仍處於下滑階段，只有印度和台灣保護區內的水鹿族群有增加，不可能讓水鹿的族群因為獵捕再走回以前的狀態。何況，目前調查顯示，台灣水鹿分布，南北差異很大，雖然中、南部玉山國家公園一帶族群數較多，而在北部雪霸、陶塞一帶的水鹿基因呈現明顯的差異，數量缺稀少，甚至建議應提高保育等級。他強調應針對不同區域發展保育策略。
前靜宜大學生態所教授陳玉峰則指出，開放狩獵並不能解決問題，何況未開放狩獵，都已存在長期盜獵。裴家騏也說，以狩獵壓低水鹿族群，效果有限；何況發現水鹿數量增加的地區，通常都是可及性高的地方，獵人到達也方便的地方，意即獵捕並不能抑制水鹿族群。
陳玉峰指出「平衡」是指自然系統天然調整機制及其複雜交互相關下的動態、複雜網狀關係，而非哪一位專家經驗法則下的診斷。「台灣的研究時程太短暫，目前制衡說背景資料太囿限！」
水鹿未知的過去與現在
有多年水鹿研究經驗的林宗以主張發展整合性研究，針對水鹿與高山植被、鳥類、小型哺乳類等進行相關的研究，一旦發現水鹿對高海拔山區植被產生嚴重影響，則需進行適當「人為控管」，包括圍籬或種種管理措施，以維護生物多樣性。
「以前有水鹿是如何我們並不知道，現在水鹿回來了，但到底有多少族群數、有沒有增加都不知道。這些資料都缺乏的情況下，談人為介入似乎言之過早。」靜宜大學生態學系副教授楊國禎表示，沒有科學證據之前不宜防衛過度，族群數稍微增加就要控制。況且，水鹿對於森林生態系的影響不會大於人類，卻不容許水鹿有些影響。
裴家麒也認為「我們對於水鹿以及植被的影響研究太少，不夠完整，連兩年的資料都沒有，因此是無法了解判斷目前的現象。」他建議，將時間拉長，建立10年的監測資料，才有辦法回答水鹿對環境的衝擊是否要人為介入。
裴家騏也說，野生動物族群數量的控制常常出現「過與不及」的現象，表示大家對族群動態學的認識有限；因此，應該針對重點地區去確認原因、找尋有效的方案，而任何方案都應該要有監測，以免過頭。
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