交通部推動多卡通政策，至今已在公路客運和台鐵投下超過10億元的設備補助和建置經費，但立委蔡其昌批評，多卡通超過9成都使用悠遊卡，且使用率不減反增，交通部動用公帑，結果只幫悠遊卡從北部往中南部搶市場，甚至台鐵平均1年還要倒貼超過2000萬元手續費給悠遊卡公司，根本是標準「冤大頭」。
蔡其昌指出，交通部透過公路總局，補貼客運業者建置多卡通軟硬體設備就編列了5.5億元經費；另外，台鐵多卡通也預計將投入4.6億元，要在全線216個車站建置設備。他強調，這些建置成本和後續的維修成本，本都應是業者要自行負擔，現在卻全由交通部買單。
蔡其昌說，交通部名義上是要「多卡通」，但不管是公路客運或是台鐵，目前悠遊卡使用率都在9成以上，台鐵100年時剛開放多卡通，悠遊卡使用率就有約9成1，其他台智卡、遠通ＥＴＣ卡合計不到1成，但2012年悠遊卡佔有率衝上9成6，其他卡持續萎縮，通得越多，反而讓悠遊卡更擴張版圖，幾乎要寡占整個市場。
蔡其昌批評，交通部不只花納稅人的錢，為悠遊卡在市場上「攻城掠地」，乘客每在車站刷一次卡，台鐵還要支付手續費給悠遊卡公司，光這部分每個月就要近180萬元，且隨未來開放的車站和使用的人次都會越來越多，費用也會更高。
蔡其昌說，多卡通提供民眾便利，他並不反對，但交通部推動政策時，悠遊卡已是強勢卡，結果反造成「大者恆大」，且悠遊卡公司多數股東是銀行、客運業者，甚至還有個人，現在不負擔任何建置和維修成本，就能獲取高額利潤，有圖利嫌疑。
蔡其昌表示，交通部應儘速邀集悠遊卡公司在內的票證業者，訂出回饋機制，或依使用率分年分攤設備建置、維修費用，若交通部入股成為悠遊卡公司大股東，也是可行的方式。
交通部簡任技正林福山表示，已發文給各票證業者商討相關的回饋機制，將會在近日內召開會議。
悠遊卡公司則回應，多卡通政策並無圖利特定業者，悠遊卡向來都配合政策執行，且不論台鐵或捷運設備閘門若由票證業者來建置，將會造成運輸業者維護管理上的困擾。至於交通部投資入股悠遊卡公司，也可評估研議。
