對於拜耳公司最後做出撤資的決定，工商界人士感到相當痛心，認為這對外資將帶來不良示範。工商界人士在19日由經濟部舉辦的座談會中，除了表示遺憾之外，更痛批經濟部對拜耳案出力不多，認為政府應拿出公權力，否則台灣經濟將毀於一旦。
全國工業總會理事長高清愿表示，對於像拜耳這種投資案，政府應該拿出魄力，他認為經濟部在協調拜耳排除投資障礙上出力不多。工商建研會理事長朱志洋說，如果國內廠商赴海外投資也要接受公投，企業怎會心甘情願投資？
中華民國工商協進會理事長辜濂松表示，如對重大投資案的環境評估報告有疑慮，應在該投資案核准前舉辦公聽會，而不是在企業投入資金及心力後才訴諸公投。不但耗費社會資源，也造成中央與地方政策不一、企業無所適從。
辜濂松說，拜耳撤資不啻是對台灣的亞太營運中心投下不信任票，不但影響跨國企業來台投資的意願，國內企業也被迫出走，對台灣的國際形象與長期經濟發展是嚴重的打擊。