立法院臨時1月28日三讀通過食品衛生管理法修正案，法律名稱改為「食品安全衛生管理法」，除大幅提高罰則，也設立三級管理及原料流向追蹤機制，並賦予「食品安全保護基金」法源。
此外，修法規定基因改造食品原料須經健康風險評估審查、在外包裝清楚標示，並明確規範複方食品添加物範圍。但引發爭議的複方食品添加物查驗登記，仍未入法，改由食品藥物管理署登錄管理。
罰則加嚴
根據修正條文，食品廠商未來若發生摻偽或假冒食品等情況，刑罰將由現行三年以下徒刑提高至五年以下徒刑、拘役或科或併科800萬元以下罰金；另外，也設有「反人頭」條款，若有上述情況，除行為人外，最高可對公司或負責人開罰8,000萬元。至於產品標示、廣告不實等情況，罰鍰也提高。
「食安基金」可專款用於補助食安事件受害者的訴訟費用、進行人體健康風險評估，及其他促進食品安全的相關用途。
至於「三級管理」機制，第一級為業者自主管理、第二級由政府核可的第三方實驗室驗證、第三級則由政府負責稽察抽驗。
複方查驗未入法
修法後，複方食品添加物的查驗登記方面，並未入法，僅限使用經主管機關核准的單方食品添加物，強制登陸由食品藥物管理署管理。
目前單方食品添加物共有799種，食藥署估計複方食品添加物至少有20萬種；在兼顧經貿利益前提下，修正通過的食管法最終放棄複方食品添加物查驗登記。
至於食品添加物的標示，新法規定，食品包裝僅須在製造廠商或國內負責廠商中，擇一標示；食藥署食品組長蔡淑貞以「可口可樂」為例，只要由進口或在台生產廠商「擇一標示」即可。
林口長庚醫院腎臟科主治醫師顏宗海以「遺憾，但可以理解」來形容這次修法結果。