高屏溪流域面積3257平方公里，供應屏東縣、高雄縣市270萬人飲用水、灌溉、工業及其他用水。早期高屏溪汙染源以畜牧廢水大宗，為減少畜牧廢水汙染河川水質，環保署執行離牧政策，對上游養豬戶拆除補償，削減47萬頭豬隻，但養豬頭數不減反增到178萬頭，上游水質確實有改善，只是養豬戶轉移到下游鄉鎮繼續復養，使得下游水質更加惡劣。
大仁科技大學環境工程科學系副教授表示，近30年來台灣工業及民生用水量迅速增加，工廠與都市下水道排放汙水，導致高屏溪下游水質汙染日漸惡化，潔淨水源區退縮到較上游的森林集水區，用水增加與水源區因汙染而縮小雙重衝擊，高屏溪可供水量日漸不足。