在民間團體、多位立委與學者的努力下，16日上午11點多，立院在會期最後一天，三讀通過了政府組織改造中的「海洋四法」，包含海洋委員會、海巡署、海洋保育署及海洋研究院。立委邱文彥表示，海保署的成立代表台灣邁向海洋國家的新紀元，也期盼行政院能給這新成立的機關更多經費與人力，並加速整併工作；民眾能更親海、知海、愛海。
台灣環境資訊協會、荒野保護協會、海龍王愛地球協會、媽祖魚保育聯盟等民間團體也於16日發表共同聲明表示，雖無法如願成立「海洋部」，但仍對「海洋保育署」進入行政組織給予肯定。
海龍王愛地球協會理事長林愛龍表示，這是政府組織改造中，唯一全新出現的機關，象徵著21世紀人類的新課題——環境永續。海保署除了解決海洋事務過去幾十年來多頭馬車的問題，更將「海洋保育」觀念帶入政府，未來政府可以專心專業的規劃、執行、巡護海洋生態與永續管理的工作。
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| 台灣的海洋環境極速惡化，多年來終於盼得專職海洋保育機構立法。圖為台東縣三仙台珊瑚礁生態。攝影：鄭明修。圖片來源：台灣珊瑚礁學會。 |
折衝協商 軍文併用有解
針對海洋四法之中，各界所關注的兩大問題：「疊床架屋」與「軍文併用」，在邱文彥與田秋堇等委員協商周旋下，獲得了圓滿可接受的解決。備受各方關注的「軍文併用」，軍職未來在海洋組織中的角色，折衝結果是：
1) 海洋委員會：軍、警及關務人員不得逾1/2；
2) 海巡署：軍、警及關務人員皆無限制，亦有兵役人員。
3) 海洋保育署：以文職為主，但視任務需要，薦任以下的官職等，得由警察、關務人員或軍職人員派充之。
4) 海洋研究院：絕對的純文職機構，沒有軍警職。
海洋資源管理 分屬海保署、漁業署
但針對海洋資源管理，台灣環境資訊協會副秘書長孫秀如表示有些遺憾，她指出，雖然海裡的魚類不論是漁業資源或是非漁業資源，都在同個空間海域裡生活。不過因農委會漁業署仍需掌管漁業資源管理權，未來海洋生物多樣性與非漁業資源的保育工作，將由海洋保育署負責，漁業資源的保育工作還是由漁業署負責。
至於「海岸管理」的部份，將來由內政部為主、海洋保育署協助，牽涉到海洋保育時，海洋保育署則為主管機關。海洋污染防治則整個從環保署移過來海洋保育署。海巡署與海洋保育署的分際則是：海巡署：規劃與執行海域及海岸巡防事項；海保署：規劃與執行海洋保育事項。
民意所趨 海洋保育漸得重視
除了立委、學者及民間團體的努力，民眾支持與關注更是一大後盾。台灣環境資訊協會在網路平台上發動連署與民意調查，短短1個多月，即獲得95個團體組織、3,634位一般民眾連署響應。對此，協會秘書長陳瑞賓表示，海保署能在組改列車中擠上末班車，民眾的熱烈連署與關注扮演重要角色，而這樣的結果顯示海洋保育越來越受到重視與關心，支持成立海保署即為對此需求的重要回應。
而在立法院不斷傳遞即時訊息、使海保署能一次次趕上協商機會的媽祖魚保育聯盟理事長陳秉亨表示，白海豚的保育過程中，最能感受政府主管機關多頭馬車的困境，期待未來海洋保育署能扮演強而有力的整合角色，真正保護台灣的海洋生態環境與珍貴的海洋生物。
長期透過世界海洋日向民眾推廣海洋保育的荒野保護協會理事長賴榮孝說，政府的海洋保育工作與民間的海洋環境教育是相輔相成的，海洋保育署的設立有助於深化愛海文化，這是今年世界海洋日遲來的禮物。
根據黨團協商，海洋委員會成立後，將立刻組成海洋保育署與國家海洋研究院的籌備處，將於12個月內整合移撥事宜、正式成立。
