針對南台灣震災造成116死慘劇，馬英九總統2月14日在中央災害應變中心第23次工作會報中指示，將以最有效率、最彈性的方式協助重建；行政院長張善政表示，1個月內公布國內土壤液化潛勢區資料，內政部也會先研擬相關配套措施，告知民眾如何面對、防範。
馬總統在會中指出，依據日本經驗，還有很大的進步空間，已要求內政部提出建築物抗震補強計畫，「我們不怕地震，只怕沒做好防震的準備。」要盡速全面提升建築物的安全性，才對得起這次不幸往生的災民。
張善政會後指出，關於土壤液化問題，建築技術可克服，重點是預先知道、預先防範，經濟部地質調查所1個月內會公布土壤液化潛勢區相關資料，屆時內政部也將提出配套措施及補助方法。台南市政府對此表示，這是攸關民眾安全的資訊，值得肯定。張善政舉例說，國道一號中山高濱江街段，早年是土壤液化容易發生的地區，後來藉由工程技術做了地質改良，相關問題已獲改善。
行政院14日也召開「0206震災優先處置事項研商會議」，衛福部長蔣丙煌報告表示，目前震災死亡116人、受傷551人、住院51人、收容13處所目前仍有109人。慰問金包括法定救助以及台南市政府募款所得發放等，合計死亡可獲300萬元、重傷75萬元。
財政部長張盛和說，南區國稅局已擬緊急措施，稅單發放、繳納期限等至少延長1個月，災損部分有專人輔導，申請延長為3個月、有里長證明即可，台銀、土銀將提供便利災民提款措施、200萬元起不等低利融資貸款。
經濟部次長沈榮津說，災後電力已完全恢復，瓦斯僅48戶管線待修，水15日恢復正常。水利設施相關災損在4月底汛期前會搶修完畢。產業災損部分，南科台積電機台已恢復地震前水準，面板廠也將在1周內陸續恢復。
內政部次長陳純敬說，目前通報485件危險建築，其中64棟紅色建築多在南市。將提供受災戶租屋補貼2年，若重建或重購提供最高350萬元、5年繳息不還本低利貸款。內政部也將推動老舊建物健檢，初期量能從500戶擴大到2000戶，並請台大地震中心等專家提供建議調整耐震國家標準。
