據《秦淮河水體管理實施方案》，將用「六閘聯動」和「分時調水」2種方式對外秦淮河進行沖洗。「六閘聯動」是指利用秦淮河流域及已建成的天生橋閘、武定門閘、秦淮新河樞紐、蓮花閘、南河閘和三汊河河口閘組成集中控制系統，由設在河口閘的中心控制室對六閘實行統一調度，通過多種調水方式補水，最終實現外秦淮河河水常流，水常清。
而「分時調水」具體為，6月1日-9月30日，利用流域雨洪資源及石臼湖（水陽江流域）和秦淮河流域水頭差自流引水﹔11月1日-次年4月30日，採用秦淮新河樞紐泵站提引水﹔5月和10月考慮50％引水量來自秦淮河樞紐泵站提升。據測算，「六閘聯動」和「分時調水」每年需1,666萬元。