內政部國土計畫審議會7日審查台南市國土功能分區圖草案，其中市府新增提出將沙崙農場近千公頃農地，變更為城鄉發展地區第2類之3（城鄉2-3），引發民團抗議，質疑「政院核定重大建設計畫」不代表已具備實質開發的合法性與可行性，且未進行環評就要將農地變更，無疑是為開發單位國科會及廠商台積電開路，「把國土計畫當成炒地計畫」，要求國審會駁回申請。
在開會前夕的6日傍晚，市府發聲明指會撤案，其後在會議上稱強行闖關「是一個誤解」。可是，撤案僅指北沙崙427公頃「支援產業發展需求地區」，508公頃「南科沙崙生態科學園區」是否撤案，在公開會議上仍無定案。
國土署向《環境資訊中心》表示，台南市府須提交更具體計畫內容才能審議變更，故決議沙崙農場兩案劃設為農業發展地區，但屬開發限制非常嚴格的優良農地（農發1）還是有限度設置產業鏈的良好農地（農發2），尚未有結論。如國土計畫上路，須留待通盤檢討才可變更縣市計畫及功能分區圖。
行政院核定重大建設計畫是無敵金牌？ 民團批漠視生態
沙崙農場位於台南高鐵站東側，被劃定為「南科第四期沙崙生態科學園區」，面積約531公頃，去（2025）年9月獲國發會審議通過，12月行政院核定通過。
台南市政府在國土計畫審議會上有多項提案申請。這次最大爭議是將沙崙農場中508公頃「南科沙崙生態科學園區」，以及北側427公頃「支援產業發展需求地區」，由農業發展地區改劃為城鄉2-3，意即會因應未來發展需求，規劃成優先開發的「待開發用地」。
保育團體預告將在國審會開會前抗議，台南市府則在會議前一晚發出新聞稿，稱考量民間團體對沙崙農場生態環境保育建議，會撤回沙崙農場劃設為城鄉2-3的議案，又強調沙崙農場後續功能定位，等國科會相關計畫擬定完成後再做整體評估。
7日早上，多個保育團體在國審會會議前召開記者會，質疑市府撤案說法含糊。蠻野心足生態協會研究專員洪碩辰認為，沙崙生態科學園區的選址本就錯誤，但市府竟追加劃設427公頃城鄉發展地區，卻從未提出具體規劃內容及可行財務計畫，認為是開空頭支票，實質想藉機圈地。
苗栗縣環境保護協會理事長陳祺忠、看守台灣協會秘書長謝和霖、大地心環境關懷協會執行長徐宛鈴則提出須保育生態重地，若農地變更開發，一級保育類草鴞以及多種受脅動植物均會面臨不可忽視的打擊。徐宛玲直言，變更案無疑是把更多農地送予開發單位，市府把國土計畫當成炒地計畫。
環團亦關注到引進一奈米製程及AI相關產品，均屬高耗水耗能，但依目前曾文、南化、烏山頭、白河、鏡面五座水庫的可靠性評估，庫容因淤積快速遞減，不利設高耗水產業；又質疑台電是否能穩定供應日後沙崙科學城的高耗電需求。
沙崙農場是農發1還是農發2？ 國土署︰未有結論
會議上，台南市副市長趙卿惠稱，即使農地調整為城鄉2-3，後續亦需環評及開發許可程序，「大家很多意見指台南市政府強行闖關，這應該是一個誤解。」他續稱，國科會已跟進沙崙農場環保、保育及生態議題，以及產業發展均衡的需要，為免造成民間誤解，相關提案會撤案。
會議主席兼國土署副署長朱慶倫詢問，撤案是否包括行政院已核定的508公頃「南科沙崙生態科學園區」？國科會並未具體回應，市府亦僅稱北沙崙427公頃案子會撤案。至於大南方新矽谷推動方案半導體S廊帶園區面積總量有多少？國科會代表猶豫片刻後表示「回去查一下」。
國審會委員林嘉男則提出，若將行政院核定視為直接變更土地為城鄉2-3，國審會幾乎沒討論空間，「我們有沒有盡到一個做專業審議的機制？我們只能交由行政院院會去做百分之百授權，等於我們完全信賴行政院院會的結果。」他認為可以等市府提出更實質方案，審議會再作檢視。委員郭翡玉亦指變更案可保留，不必在這次會議討論。
國土署國土計畫組組長廖文弘會後向《環境資訊中心》表示，由於市府並未提供詳細計畫資料，委員會最後決議按照通案的劃設條件，沙崙農場劃設為農業發展地區，後續要啟動環評和開發許可的審議，市府可按照目前相關規定繼續辦理。環評即將於4月中進行。
那麼沙崙農場是劃為農發1還是農發2？廖文弘指，台南市府希望劃為農發2，但由於未符合調整為農發2的劃設原則，現在還沒有定案。
廖文弘提醒，國土計畫最後一個階段——即所有縣市政府的功能分區圖草案核定後，就可公告實施上路，屆時須留待每五年一次的通盤檢討，才可變更縣市國土計畫以及功能分區圖。現有19個縣市已完成審議功能分區圖，各縣市府可提前規劃通盤檢討作業，加快後續處理通檢程序。