「如今一切有了著力點」，馮永鋒說的「著力點」是指環保，他說環保使他找到了新的生活目標。2004年底，馮永鋒去雲南出了幾次差，雲南當地的生態現狀讓他觸動頗深，並產生了一個想法，將雲南的真實生態遭遇寫成一個調查報告。
隨後，馮永鋒先後十多次出入雲南，對當地的生態環境進行調查，由於時間、人手、經費等條件限制，馮寫了兩個案例，一是雲南的大面積生態替換，經濟林替換了天然林；另一個是迪慶州的旅遊發展，對自然保護與社區保護的共同衝擊。最後，這一調查報告成稿為《拯救雲南》一書。
雖然調查報告出版給馮帶來了很多麻煩，包括其所在單位對他的批評和處罰，但他已對環保產生了莫大的興趣，並開始專注於此。除了報導領域由原來的科技轉為環保外，業餘時間，他更是對中國的環境問題進行了系統的研究和考察，遍訪各界環保人士，多次徒步實地考察眾多河流、水源、垃圾填埋場、山林。
2006年8月份，一貫思維活躍的馮永鋒產生了一個想法，這個想法成為「自然大學」的雛形。2007年3月17日，這一想法以「走水」的形式在北京開始試行，4月15日「城市樂水行」正式啟動，借助於北京地球村、綠家園、綠十字等環保公益組織，廈門、蘭州、天津等城市也先後開展「自然大學」活動。這所世界上最奇怪的「大學」能夠讓激情型社會成為可能。「要喜歡大自然，要參與環保，光討論、開會、培訓、下決心，是沒有用的，必須親自到自然界中看，看它們的苦難，看它們的美好。」馮說。
在馮看來，面對沒有專職人員、毫無經驗、沒有經費等困難，這一最初的突發奇想能演變為現在逐漸成型的自然大學，靠的是「激發型社會生態」，即參加自然大學的每個人都正派、坦蕩、互相支持，在大自然面前都是學生，都是「大學同學」。
只要自己在北京，馮永鋒一定參加北京的「城市樂水行」，作為一名活動的發起人，也作為一名參與者，通過近10個月的活動，逐漸形成了一些清晰的「辦學」模式：「自然大學」下面可開展數個學院，如水學院、鳥學院、植物學院等，這些學院活動的開展視各個城市的自然環境而定，由當地民間環保組織開展具體學院專案，專案下設教授、班主任、學生會幹部、課代表等職務，另外學院還開設有研究中心。
