1993年6月，燁隆集團與東帝士集團分別提出「鋼鐵城」與「七輕石化煉油廠」計畫， 1994年12月5日合流遞送《濱南工業區開發計畫可行性規劃報告》及《濱南工業區開發計畫環境說明書》，正式啟動「濱南工業區開發計畫」，準備在七股潟湖與沿海地區填海造陸，開發七輕石化煉油廠、大煉鋼廠與工業港。1999年12月17日下午2時30分召開的環境影響評估審查委員會第66次會議中，以臨時提案方式有條件通過環境影響評估審查。
2000年5月，政黨輪替後，「濱南工業區開發計畫」並沒有停下來，而持續進行後續的環評報告書定稿與工業區土地變更程序。6年後，2006年1月19日，環保署依《環境影響評估法》第十三條第三項規定公告《濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書》審查結論及《環境影響評估報告書》摘要，結束「濱南工業區開發計畫」的環評程序，依法轉入內政部區域計畫委員會。2006年11月9日內政部區域計畫委員會，決議退回濱南案。由於業者不服上訴裁定展開行政訴訟，後經行政訴訟庭判決內政部敗訴，於是濱南工業區開發案又死灰復燃。
環保團體堅決反對濱南工業區開發的理由
濱南工業區預定地已經行政院於2003年11月21日公告核定為雲嘉南國家風景區的一部分。若其設立，將造成水質惡化，衝擊潟湖養殖業，影響漁民生計，並將使得七股潟湖多樣、且豐富的生態及環境面臨無可回復的災害。
再者，其規劃在七股潟湖北端設置工業港，將阻塞潟湖北端出口，勢必造成該地區大寮排水無處宣洩。
況且，台南縣市海岸線已嚴重退縮，根據台南市政府委託成大水工試驗所進行的「台南市海岸環境監測計畫」，比較1993年9月至2004年10月期間的侵淤情況，發現二仁溪北岸灣裡岸一帶海岸線後退最大達100公尺左右，而鹽水溪北岸的四草海岸、曾文溪溪口同樣也有類似的情形。未來若讓濱南工業區抽沙填海造陸、造港，將使南部海域海沙大量流失，海岸線退縮將更加嚴重。
此外，其估計每天用水量約20萬噸，但水資源局只承諾每天供水8萬噸，雖計畫以海水淡化廠解決用水問題，但海水淡化廠的開發不在此次環評通過範圍內，必需通過另次環評。且依六輕經驗，當初台塑集團亦承諾要興建海水淡化廠解決用水不足的問題，但至今依舊跳票，未見環保署有任何處罰動作，環評效力顯然不彰。
而且，環保署通過「濱南工業區」環境影響評估後，遭監察院糾正，糾正結論如下，「環保署濱南工業區本案環保署於欠缺法律授權情形下，竟將法定環境影響評估審查期限之上限，擴大解釋為不計例假日期間，又擅以會議結論，排除母法對於審查期限之規定，而對於二氧化碳排放之重要議題，於具有空氣污染防治專長之環境影響評估委員長期未出席開會情形下，草率通過環境影響評估，前揭情節，核有失當。」依監察法第二十四條規定，提案糾正行政院環境保護署。因此，濱南工業區環評案顯然有實質上的爭議。
更何況，在氣候變遷威脅日益迫切的今天，濱南工業區所引進的煉鋼廠及石化業，都屬於高二氧化碳排放量的產業，每年將使台灣增加2,000萬公噸的二氧化碳排放量，該排放量是台灣1990年排放量的16%，濱南工業區的通過無疑是對馬英九總統節能省碳政策的當頭棒喝，更顯示當今政府價值觀的錯亂，國家未來的發展堪憂。
總之，此開發案不論從生態面、環境面、社會面、或經濟面來看，都問題叢生，唯一得利者只有開發業者，因此環保團體堅決反對此案的開發，也望政府三思。
