立法院衛環委員會26日審查環保署預算，中科四期環評爭議成為立法委員質詢的焦點。關於二林園區未來廢水排放方式，立法委員黃淑英表示，在10月23日環評專案小組已做成結論1。但事後行政院又更動環評結論2，她認為行政院無權更動環評結論，如果要更動，依法必須再送環評小組審查。
環保署長沈世宏認為，「環評是環評、政策是政策」，環評結論已認定兩案都可接受，但行政院要求中科做得更多，「已超出環評委員依據經驗與學理為依據可進行的專業審查範圍」，應由開發單位或中科依政策目的來考量，屬於「政策決定的事項，非環評專業審查的事項。」
兩方說法留下的爭議是：
1、行政院是否有權更動環評專案小組所作成的結論？
2、政策決定的事項未經專業審查，是否要重新經過環評審查？
3、政策決定事項如不必再送環評審查，是否要納入環評結論？
4、政策決定事項如未納入環評結論，事後如何依法追蹤？
本周五(10月30日)環保署將舉行環評大會，確認最後的環評結論。針對以上疑慮，環保署、中科必須有所說明。
另外政策決定的方案是否比較好？沈世宏說，「用常識判斷就知道比較好」，但環評是專業審查（科學），不是常識審查（憑個人觀感）。因此，政策決定的新方案是否真比環評小組的方案好，必須回歸專業審查才足以服人。
1 結論第1點：「初期及中期（放流水在6萬噸以下），廢水得排放到舊濁水溪、或濁水溪之「河口潮間帶低潮線下」，後期或廢水量高於6萬噸、或牡蠣體內銅檢測濃 度值超過100(毫克／公斤)，應以海洋放流管排放。」結論第6點還規定：「放流水排放專管完成後，始得同意進駐廠商營運」。
2 (環保署10.21新聞稿)行政院長吳敦義今天接見雲林縣長蘇治芬及陪同之兩黨立委，達成「以政策決定」提高二林園區放流水處理規格的共識，包括請中部科學園區管理局考量，採取專用放流管向海洋再延伸3公里、完全回收提供國光石化再利用等，較環保署環評委員會未來以經驗及學理專業審查認定安全可接受的環境影響減輕措施更高規格的處理與排放方式，來因應兩黨立委及彰化縣政府為舊濁水溪養殖業者與雲林縣政府為濁水溪養殖業者的請求，以完全去除民眾對養殖受到影響的 疑慮。
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