2009年學術報告指出台塑六輕與周遭居民罹癌有關，監院要求對六輕環境衝擊進行總體檢正在進行之際，六輕無畏民間觀感，再提五期開發計畫。昨（2）日由環保署進行環評專案小組初審會，會議一開頭，主席李育明便表示希望進入第二階段環評，但在場團體都質疑此舉是為開發單位簡化審查程序。最後在部環評委員主張中止審查下，主席裁示4日加開延續會議再作決議。
目前環保署在監察院要求下正進行「六輕總體檢」，健康風險評估的專案小組審查也尚未完成，前述疑慮尚未釐清前，有環委主張可援引環評法第43條第5款「經主管機關認定，中止審查」。同時也有委員痛批六輕「所有東西你們六輕都能用錢買，只有生命不能，所以你們就忽略！」
環評會主席主張，開發單位報告內容不完整，包括廢水排放對附近流域影響評估、排放量推估係數說明不夠詳盡、缺乏替代方案等，應直接進入二階環評；因六輕肯定對環境有重大影響，多次補件再審後仍可能會進入二階環評，不如一開始就進入二階，節省前面的審查時間。
但在場團體都認為，直接進入二階反而能為六輕節省時間，這項提議並未獲得在場委員一致支持。
六輕四期疑慮未解 五期開發不該貿進
先前雲林縣政府委託學術單位進行六輕空氣污染與附近居民健康風險的相關性研究，結果得出六輕與罹癌有顯著相關，因此環保署組成專家小組，針對六輕健康風險再進行評估。同時六輕本身依法應提出的健康風險評估計畫也正由環保署進行審查。因此有委員表示，在這些問題尚未釐清之前，不應該繼續審查五期計畫。
環委也直指，六輕開發至今，許多當初的承諾都跳票，例如隔離水道本來預計500公尺，現在連200公尺都不到；六輕保證會養灘，但至今沒有任何動作，外傘頂洲持續倒退，「前四期都管不好自己，還提五期！」
環委批評，六輕開發十幾年，早已有多年對附近環境影響的監測數據，但在環評書中卻只是提出模擬數據，「7、8年前就已經發現有影響，他現在還說模擬出來沒有影響。模擬根本不可信，只要挑數字和方法，就能模擬出想要的結果」。環委員也抱怨，每次向六輕要數據資料，六輕只會推拖不給。
六輕 犧牲在地的國家級建設
面臨六輕五期來勢洶洶，當地居民也相當反對。雲林環保聯盟廖冠貿指出，集集攔河堰將濁水溪的水從上游攔截，導致下游揚塵非常嚴重，加上環境污染，種東西都不會活。「以前大家都說好、歡迎六輕來，現在都起來抗爭，如果前面的問題不先解決，不要想蓋五期。」
淺海養殖協會理事長林進郎也表示，六輕對當地居民相當不友善，水的問題、空氣污染問題都影響當地生計，但是六輕卻要求居民自己提出證據才願意賠償。「附近農漁民都是弱勢，怎麼有辦法自己找證據，而且這些動作本來就應該是六輕主動進行才對。」
台塑強調六輕能為國家帶動GDP成長，行政院長吳敦義也表示國光石化與六輕五期是國家重大建設，因此會全力推動。然而，各方質疑的是：這些國家級建設卻未考量它對整個國家的衝擊：排出的污染並不會經由稀釋而消失、二氧化碳也會繼續留在大氣層中加速暖化現象，但六輕卻只評估對雲林地區的影響，未曾用更高的視野來思考環境影響。
面對多方疑慮，經濟部仍表示，國家經濟也很重要，石化工業又是主力產業，因此希望大家能多點支持。而工業局則表示，「五期生產的是高質化產品，因此產值相當高」，而且工業局也考慮到石化工業對環境的傷害，正主動進行政策環評，預計2010年底能完成。
審查會中，主席並不打算讓台塑補件再審，而是極力主張進入二階環評，認為能夠經由範疇界定會議將許多問題釐清。但部分委員認為應該中止審查，最後主席裁示4日加開延續會議，繼續討論初審結論。
對於加開延續會議，廖冠貿表示，地方居民早已看開，政府不可靠，所以還是靠自己，他們打算組成濁水溪流域連盟，靠自己的力量保護自己的生存權力。
