六輕進駐雲林後，漁民漁業權也隨之消失，漁業署公告台灣沿岸海域專用漁業權整體計畫範圍未將雲林納入，雲林區漁會和雲林縣府聯手抗議，漁業署才重新審查更新案；縣內官漁並達成朝專用漁業權發展的方向努力，強烈要求工業局將台西、四湖海域工業區解編。
縣計畫處綜合規畫科長蘇建蒼指出，漁業署不僅未將縣內海域畫入整體漁業權範圍，還把行政區屬雲林的濁水溪中線以南到沿岸部分畫入彰化縣，對雲林十分不公平。
雲林縣淺海養殖協會理事長林進郎說，六輕進駐麥寮，沿海2600多公頃漁場全被霸佔，而原境外轉運中心的新興與台西兩工業區，加總又超過2000公頃(已解編)、四湖900多公頃全都被工業局編定為工業區，這樣叫漁民如何生存，「空有漁業權何用？」
林進郎認為，漁業權規畫亦應和土地一樣，回歸最有效的利用，如果六輕不撤，至少把台西、四湖兩鄉沿海水域漁場還給漁民，雲林的產業定位才能明確。