雖然當前流域內城市和工業點源污染正逐步得到治理，但是以農藥、化肥和畜禽養殖業污染為主的農業面源污染，開始顯現成為長江流域水環境治理的重點和難點。中國國家軟科學研究最新報告指出，應及早制定「長江流域農業面源污染防治條例」，積極引導農村地區施行綠色發展模式，避免走「先污染後治理」的老路。
報告分析指出，農村面源污染主要是由化肥農藥污染、畜禽養殖業污染、農村生活污水排放和山林地區污染所致，其中所含主要污染物是氮、磷等有機物。經濟快速發展、城鎮化進程加快和耕地減少，為了增加糧食生產，農田中化肥、農藥的使用量越來越多，以這些農業面源污染引起的水體富營養化問題越來越突出。
長江科學院水資源所許繼軍工程師提出，要及早制定「長江流域農業面源污染防治條例」，引導農村地區走可持續發展的道路。要建立協調和綜合治理機制，實行從源頭到排污口的全過程監控和治理。