中科四期環評過了一年六個月，用地、用水爭議卻接連爆發。28日彰化縣溪州鄉農民來到環保署，抗議中科未經環境影響評估，即進行莿仔埤圳引水工程，向環保署遞送公民告知函，要求環保署命彰化農田水利會停止施工。環保署綜計處長葉俊宏接下公民告知函，並表示了解後依法於60天內回覆。
中科搶水 搶到農民水源頭
環保署在2009年11月10日公告的中科四期環評結論中，同意中科管理局可以調用農田水利會的農業用水，每天6.65萬噸為上限。國科會中科管理局編列23億元預算，委託彰化水利會，沿著彰化縣溪州鄉最重要的灌溉水圳、百年歷史的莿仔埤圳的水源頭，開挖堤岸道路埋設輸水專管24.3公里，穿越溪州、埤頭兩鄉鎮，興建「中科四期調度使用農業用水計畫工程」。
莿仔埤圳是溪州鄉的灌溉命脈，世代農民都靠這條灌溉渠道生活。而彰化用水吃緊，農民表示，這條水圳很久以來已經來四天、停六天，如果水還要再給中科拿走，從溪州到二林所有灌溉用水都會出問題。農民多次北上抗議，但彰化農田水利會的引水工程還是加緊趕工中。
應環評未環評？
這項引水工程有一個13公頃、3公尺深的沉砂池，可以容納20萬噸水量。彰化農民提出，依「開發行為應實施環評細目及範圍認定標準」第10條第1項第6款規定，土石採取10公頃以上要做環評，這個沉砂池13公頃，已達應實施環評標準而未做環評，違反環評法第22條應命水利會停工。
不過環保署指出，中科這個工程並不是土石採取法所稱的開發行為，因為並不是為了開發土石資源或納作販賣砂石料源，因此並不適用此認定標準的第10條第1項第6款所稱的土石採取開發行為。
不過環保署才剛接下公民告知函，在尚未了解前，新聞稿就先出現以上說法並不妥當，而從字義上來看，似乎已否定農民所提引水工程應環評的要求。
水仗開打了！
農民對灌溉水源不足顯得相當焦慮，尤其不滿農田水利會把農業用水賤賣給工業。但之前在立法院的一場公聽會中，農委會水利處長張敬昌不認為這個調撥會影響農民灌溉，並指彰化農田水利會調撥給中科四期的水只占1.8%，比例相當低，而且彰化地區彰化卻是一年兩期作，水源算是多的。
農民缺水的憂慮未獲回應，此時宣佈為了捍衛水源，一定抗爭到底。
水仗開打了！
（註）中科四期短期用水(2009~2011年)，每天0.48萬噸，由自來水公司供應。中期用水(2012~到2015年)每天6.65萬噸。長期用水(2016年~)每天16萬噸，由大度攔河堰供應。(國光石化停建，大度堰已暫緩)
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