台灣第一個以分子標誌技術研發的台南16號「晶鑽米」正式面市，口感直逼日本越光米，如此非凡成就，為台灣育種技術樹立新里程碑。然而，台灣政府長期不重視傳統育種之優勢，在資源分配向生物科技傾斜下，傳統育種技術常常無法取得資源。
傳統的育種因費時耗力，而被排擠於一切講求速率的現代社會。近20年來，分子輔助選種（molecular assisted selection）則為傳統育種注入新方向，以人為的雜交、回交的子代，再以基因型作為選拔的依據，避開因環境的影響而誤選，精準有效率，此外，更具備可選拔隱性基因、同時堆砌數個基因等多項優點。
分子輔助選種在國際間行之有年，位於菲律賓的國際水稻研究中心早於2009年即研發第一支水稻品種。美國的小麥育種也積極以此項技術進行。台灣比菲律賓晚了3年才以此技術研發第一個水稻品種的原因是未被重視，經費不足。
相較於基改作物長期投入天文數字研發，此次台南16號以分子輔助選種研發，在2年的研究經費下即有成果，雖然是奠基國際間水稻基因已解序，並且釋出相關的研究資訊，但是也算大大超越了基改作物的速度。
台大農藝系副教授胡凱康表示，分子標誌輔助選種技術有別於基因改造從外緣基因（而非物種內基因）植入，是在個體中透過分子技術精確地找出所需特質的特定基因，進行親代與子代的交配，繁衍出新品種。
分子輔助選種雖然成本上比基改研究少很多，不過在基礎研究上仍須龐大的經費支持。胡凱康表示，糧食作物外的品種，大多都是私人種苗公司進行研究，不會釋放相關的研究結論，因此一般作物進行分子輔助選種，都必須進行基礎研究，這階段必須在充裕的經費下才能研發。
光是研究番茄抗病性特質，在野生的番茄中找到抗病基因的位置，轉到作物番茄上，約需500－600萬元的研究經費。不過，一旦研發成功，經驗可以累積，技術越嫻熟，成本也會隨之壓低。目前台灣7個區的農業改良場以及台灣、中興大學農藝系都積極進行分子標誌技術育種，台大團隊也針對番茄的抗病性、青花菜的抗熱性進行分子輔助育種。
至於分子標誌技術能否替代基改技術？胡凱康認為，必須視所需要的特性為何，例如需要「毒蛋白」，就非基改技術不可。
然而，水稻中需要毒蛋白目的為何？這個目的只能毒蛋白才能達成嗎？這恐怕也是研究人員必須思考的。
傳統育種必須花很長的時間才能找出所需的特性育種，基因改造作物仍擺脫不掉健康及生態風險，兼顧兩者優勢的分子輔助育種技術，在面對極端氣候表現下的糧食安全，成為另一個選項。台大農藝系教授郭華仁表示分子輔助育種已經證明是有效、快速的高科技育種，而且沒有基因轉殖的諸多缺點，且各大學也不乏分子標誌輔助選種技術的學者，建議政府全力發展。
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