監察院去（2025）年12月底發表關於「東沙環礁國家公園棘冠海星大規模擴散破壞珊瑚礁生態」的主動調查報告，指出大學團隊在2019年6月便已通報東沙南礁台測站，發現棘冠海星有大爆發現象，論文發表至國際期刊，內政部國家公園署海洋國家公園管理處（下稱海管處）卻拖延5年，至2024年才開始進行移除或注射醋酸工作。然而棘冠海星有如蝗蟲過境，已對石珊瑚造成嚴重破壞，災情迄今仍難遏止，認為海管處有顯著疏失。
2019年中山大學已通報東沙棘冠海星爆發 海管處拖5年才處理
東沙環礁國家公園於2007年成立，是台灣第一座海洋型國家公園，亦是我國海域唯一發育完整的珊瑚環礁。然而，2024年棘冠海星全面爆發，至今仍難以清除，對該地珊瑚礁造成嚴重危害。
監察院委員田秋堇的調查報告稱，其實中山大學團隊早在2019年5月時，便於東沙環礁南礁台外4次每次20分鐘的潛水中，計數到約20隻棘冠海星，主要體型為31～40厘米，估計密度高達每公頃600隻，遠高於每潛20分鐘只看到2隻的最低爆發標準，遂於同年6月初通報海管處，並於國際期刊發表相關論文。
到了2023年5月，真理大學團隊又在西南礁台邊緣隨機目擊15、16隻棘冠海星並通報。然而，海管處在兩次收到通報後的兩個月後，進行珊瑚礁總體檢調查時，均稱未發現異常大量聚集情形。
一直至2024年3月，海管處於東沙外環礁西南側及南側海域發現棘冠海星大爆發，估計面積約60公頃（長 6000公尺、寬100公尺），有約7萬4000隻，是為棘冠海星分布熱區。雖然派員清除，但整年下來只能清除1萬4000隻。
去（2025）年海管處在外環礁正南處發現新的棘冠海星分布區域，主要集中在水深5~7公尺間，密集帶呈現寬約3~5公尺、長達1500公尺的規模，這次發現約新增1萬5000隻，估計南礁台外棘冠海星數量仍約有7萬餘隻。同年則清除約4萬5000隻。
監察院︰海管處錯失清除先機
棘冠海星兩年即成熟，三年可繁殖，壽命15～17年。一隻棘冠海星一次可生數十萬粒卵，整個繁殖季最多可產6000萬粒卵、甚至上億顆。
棘冠海星幼生及亞成體會躲藏於珊瑚礁中不易發現，成年的棘冠海星以石珊瑚為食，一年內可啃食約10平方公尺活珊瑚。田秋堇稱，每年4、5月為棘冠海星的繁殖期，然而海管處皆於接獲通報後約兩個月（即7月）才利用珊瑚礁總體檢調查時前往巡查，往往已無法發現聚集現象。此外，海管處接獲通報後，發現船班無法支援又未向上級機關簽請資源協助，也導致錯失清除先機。
受環境條件所限，東沙環礁每年僅4～9月可清除棘冠海星。東沙屬軍事管制區域，未經核准不能任意登島，島上沒民眾居住亦無潛水遊憩活動，招募潛水志工並不容易，即使志工願意前往，國防部仍需45天審核許可，志工無法立即前往東沙；加上往返東沙的軍機和包機座位有限，亦變相限制了志工人數。加上每年10月至翌年3月因東北季風增強而無法出海，造成真空期，棘冠海星有長達半年可不斷啃食珊瑚礁，因食物充足，令危害區域持續擴大。
資料顯示，2024年參與志工人數僅62人，2025年也只有87人。一般志工在陸地待勤每日有480元補貼，水下作業則有1500元，但志工多為潛水教練，東沙除棘行動與潛水旺季重疊，一旦投入便需捨棄現有工作及收入。
有參與清除東沙棘冠海星的志工指出，海管處船隻太小，無法支援風浪較大的環礁外海清除工作，使用中山大學研究船又會排擠研究團隊學術研究行程；即使志工踴躍登島，住宿及潛水裝備亦難以充分供給。
調查亦發現，棘冠海星大爆發警戒值標準，國內外有所不同。國際學者認為每公頃10隻為爆發警戒值，海洋委員會海洋保育署引用澳洲大堡礁海洋公園管理局報告，將每公頃大於30隻列為初始爆發警戒標準，海管處則依據國際健康珊瑚礁之爆發判斷標準應低於每公頃20隻。
報告認為，行政院允應統籌事權，跨部會解決登島人員查核期間過長問題，權責機關亦應充實第一線執行人員必要資源，並致力調查、監測棘冠海星聚集熱區分布情形，加速執行清除工作。為避免重蹈覆轍，內政部及海委會允應偕同各研究機構及學術團體共同合作，進行棘冠海星長期研究，尋求清除及防治最佳策略，並檢討過去作為，以提高主管機關處理相關危害之能力。
國家公園署︰新搭建多人工作船艇 今年可投入防治工作
國家公園署則發出新聞稿回應，指過去兩年與中央研究院、潛水志工等組成聯合工作隊，截至2025年底累計作業天數共118日，動員1000人次，移除5萬9818隻棘冠海星。
該署續稱，棘冠海星在過去50年間持續威脅印度太平洋及南海珊瑚礁生態，爆發原因與全球環境及生態系統失衡有關。國家公園署已跟海洋保育署建立合作機制，生態研究面則與中央研究院多間大學合作，2026年起陸續推動「東沙環礁棘冠海星監測」、「重要物種篩選與培育」、「大型塊狀礁調查」、「族群遺傳研究探討」等計畫，銜接每年辦理的「珊瑚礁總體檢」；並會掌握棘冠海星增生動態，配合人工移除作業，判讀珊瑚整體健康與恢復情形，建立預警模式、培育天敵物種。
去年度起，國家公園署採行「專案人力及船艇進駐東沙島」策略，穩定作業能量。為強化船艇支援能力，已開始新建可搭載18人進行作業的20噸級工作船艇，預定今年可投入防治作業。亦將與研究機構合作研發水下無人載具，突破人力潛水作業水深限制，期望有效縮短通報及執行時間。
海保署回覆《環境資訊中心》稱，國際上對於棘冠海星爆發的定義存在數種指標，通常是因當地珊瑚覆蓋率與管理目標等因素而有所不同，珊瑚覆蓋率與健康度較佳的海域，其群聚恢復力較高，棘冠海星攝食造成的壓力也相對較低。棘冠海星本屬於健康珊瑚礁生態系的一環，但生態失衡時，其高繁殖力造成幼生（幼體）存活率提高，導致密度浮動。因此防治工作除參考相關爆發警戒值，實務上仍須持續監測與預防性移除的防治策略。
事實上，全台並非只有東沙爆發棘冠海星。2025年5月，海保署接獲澎湖縣七美海域通報出現棘冠海星密度異常，隨即啟動調查，於熱點海域完成共4000平方公尺調查，並於該海域8000平方公尺範圍內辦理兩次清除行動，海保署指已初步抑制族群擴散。
後續針對各海域管理權責及管理目的之差異，海保署召開「澎湖棘冠海星爆發應處機制」研商會議，邀集海管處、水產試驗所、澎湖縣政府、漁會及民間團體等單位，共同研商監測與移除計畫，並針對熱點海域南方四島國家公園（海管處轄管）、七美海域（澎湖縣政府轄管）執行，目前已具有初步監測及清除成果。
