「請留給環委沒有政治干擾的審查空間」，2006年3月，9位環評委員史無前例聯名抗議行政院干預環評審查。
2009年9月25日，新聞報導行政院秘書長林中森以出面協調相關單位，全力排除障礙加速推動中科四期。
為抗議環評機制遭到行政干預，環保團體於昨（13）日上午前往環保署抗議，抗議中科四期「未審定案，審查不公」。
環保團體帶著寫有「環評專業個屁」的大字報遊行至環保署前，台灣地球憲章聯盟執行長顏美娟表示，環保署是獨立單位不是執行單位，行政院定下開發時程表環保署就跟著遵守，那環評本身還具有獨立性嗎？台灣環保聯盟秘書長李卓翰直指，行政程序亂七八糟才會被人看成是個屁，他建議環評委員在下午審查會議前，公開譴責行政院對外放話是個屁，重建外界對環評的信心。
綠黨發言人潘翰聲表示，公共決策上該負責的人永遠都躲在後面，環保署長說不定整天被叫進去行政院裡挨罵。如果環保署能和人民站在一起，人民會願意挺它，可是如果它只是行政院的下屬，完全放棄本身的獨立性，那就等著挨人民罵。
為了抗議環評失去獨立性，環保團體表演行動劇，由淨竹文教基金會執行長林聖崇扮演行政院長，送一大包「乖乖」給假扮成環保署長的看守台灣秘書長謝和霖，林聖崇諷刺的對假環保署長說「你今年很乖，選了一些很聽話的人當環委，所以我送你一大包乖乖，以後也要繼續乖」。
由於上次審查會議時間過長，因此才有昨日的延續會議，但主席鄭福田卻表示「今日會議不對外開放」，環保團體與民眾代表無法進場表達意見。對此潘翰聲譴責環保署，設了一堆旁聽規則，一個人只有3分鐘而一個團體或村里只能有2位代表，現在還限制人民參與。
加上中科對於地方說明會處理態度草率，引發地方民眾不滿，10月5日的審查會議上地方民意代表與居民在會場上表達心聲，卻不見任何具體回應。面對環評漠視大眾意見，謝和霖表示，我們不是去旁聽，我們是利害關係人，為什麼反而被排拒在環評之外。
彰化環保聯盟理事長施月英表示，對於中科四期開發案她只有八個字，就是「未審定案、審查不公」。彰化作為農漁業大縣，有優質的越光米，以及潮間帶的淺海養殖漁業，這些是當地的經濟潛力，但政府卻只想以工業區或科技園區來發展。施月英感嘆地表示，一般人民和政府官員之間，好像擋了一道厚厚的牆。
