多年前，中科三期后里基地在環評時，曾經做過報導，後來辦中科三期的行政聽證時，也做了一則專題，後來知道，農民和環保團體從法律面著手，要打行政訴訟的官司，當最高法行政法院判決出來，給了農民一個公道，當人民還要為已經勝訴的官司，走上街頭，很多問題值得去探討。
台灣環評史上第一件，環評結論被最高行政法院撤銷的開發案，就是中科三期七星基地，既然環評無效，友達面板廠該不該停工？環保署和環保團體、法律界開戰，究竟是誰曲解法律？誰在捍衛環評體制？這場環評聖戰，結果會是如何？
一群后里農民來到監察院，中科三期七星基地的環評結論，被最高行政法院撤銷，司法判決后里農民勝訴，但他們卻還要到監察院陳情，請監察委員主持公道，要求監察院調查環保署違法失職。接受陳情的監察委員受理這個案子，但監察院調查需要一段時間，遠水救不了近火，民眾只能上街頭抗議，訴諸輿論、讓全民公評。
后里農民的身影出現在環保署門口，高聲納喊「中科三期、立即停工」，綠黨秘書長潘翰聲送給環保署六法全書，批評環保署「不識字」，請環保署仔細看看閱讀，六法全書已經被環保署丟在地上踐踏。環境法律人協會蔡雅瀅律師表示，行政訴訟法第一條開宗明義寫道，行政訴訟保障人民的權利，確保國家權力的合法行使，由於中科三期七星基地經過法院兩個審級審判，判決環保署敗訴，被司法監督的行政機關環保署卻不遵守行政程序法，對這樣的行為應予以嚴厲譴責。
中科三期七星基地的環評過程抗議不斷，環評通過後，農民提起行政訴訟。2008年1月31日，台北高等行政法院判決農民勝訴，撤銷中科三期七星基地的環評結論，環保署不服提起上訴，2010年1月21日，最高行政法院駁回，全案定讞。
環評法第14條：「目的事業主管機關於環境影響說明書未經完成審查或評估書未經認可前，不得為開發行為之許可，其經許可者，無效。」所以，七星基地開發的第一關就是環評，通過後再由內政部審查，核發土地開發許可，最後由目的事業主管機關也就是國科會核發科學園區的設置許可，現在，環評結論被法院撤銷，七星基地的開發許可還有效嗎？
環保署長沈世宏表示，撤銷許可是指，自始沒有經過環評，你給他許可就撤銷，環評沒通過，你給他許可也撤銷，環評法中寫的文字是這樣，被法院撤銷的部分，環評法法條沒有這樣寫到這樣的東西。
環保署解釋環評法第14條的立法原旨和法條所規範的是指「自始未經完成環評審查」的開發案，意思就是，七星基地「曾經」通過環評，所以不適用環評法第14條。
環保署的說法，引起法界譁然，法學界、法律團體、執業律師，好幾百位法律人連署抗議，甚至站出來捍衛司法。曾經撰寫過環評論文的台大法律學院李建良教授表示，環保署非常狹隘的做字義解釋，是非常外行的說法，必須看立法的精神，沒有經過環評就無效，現行的法律看不到，因為環評很重要，只要沒有環評就沒有後續許可，審查結論被撤銷，依法環保署必須制止中科三期施工，甚至是處罰，不然就是怠於責任，需要負行政責任。
在中科三期七星基地上，友達公司巨大的建築體，在后里是醒目的地標，中科三期還有另一個基地─后里基地，瑞晶公司已經量產，廢水排放到牛稠坑溝，七星基地的廢水，同樣排進這裡。在環評審查時，中科三期的廢水在專管還沒完成之前，先排到牛稠坑溝再匯入大甲溪，希望藉由大甲溪的水來稀釋，但事實並非如此，牛稠坑溝根本沒流到大甲溪，這條溪從早期就一直是下游農田的灌溉水源，現在面板廠的廢水是這條溪主要的水源，這些水所灌溉生產的糧食，包括馬鈴薯、稻米，甚至有水產養殖，三百多公頃的土地所生產的食物，是食品安全的一大隱憂，當地里長不斷向中科管理局反映，都沒下文。
讓在地居民更擔心的是，對健康的衝擊，由於后里已經有正隆紙廠、后里焚化爐，豐興鋼鐵廠、還有中科三期的后里基地，再加上七星基地，這些都會排放污染物到空氣中。在中科三期七星基地的環評結論裡，要求中科管理局必須在營運前完成健康風險評估，但目前中科管理局只做空氣的影響，在環評審查時，環評委員的疑慮，不只是空氣污染的衝擊。
中科三期七星基地的環評委員周晉澄表示，多化學物質原料從日本來，要求開發單位提供資料，因為毒性如何都不知道。以竹科的情況，廢水很毒，叫中科管理局送資料都不太送，5次專案小組會議，都沒得到正確答案，要釐清對健康有沒有影響，必須要做健康風險評估，當時根本無從評估起，因此主張進入二階環評。此外周教授的疑慮還有廢水、空氣污染，以及對下游河川生態的影響，加上這裡有很多生產基地、水產品，影響不只在地人，全台灣人民都吃到，為什麼政府放任中科管理局這麼做，健康風險沒做，毒物管理沒做、空氣污染沒做。
對於法院判決中科三期七星基地環評無效，環保署的做法是要求中科管理局提出健康風險評估送環保署審查，環保署長表示，法院把環評程序撤銷後，要做的還是原本環評結論裡的健康風險評估。中科三期七星基地的訴訟律師林三加表示，法院用很長的篇幅說明，撤銷環評審查結論的理由，行政機關對環境有重大影響之虞的開發案，必須進入第二階段環境影響評估，否則就是裁量權的濫用，是違法的行為。
中科三期環評無效的爭議，環保署大動作的花了98萬元，在各大媒體刊登半版廣告，強調「依法行政」，並且批評高等行政法院和最高行政法院的判決，是「無效用」、「無意義」而且「破壞環評體制」。
環保署長沈世宏表示，環評委員會屬於多數決體制，當有重大影響之虞，要進入第二階段環境影響評估，他認為法院沒有考慮到，這是法律名詞，要靠委員會專業共識來投票表決，法院應尊重委員會的決定。
律師出身，也是第六屆環評委員的詹順貴表示，環保署長認為環評是多數決、是民主機制，法院必須尊重，可是中科三期環評結論被行政法院撤銷，就是著眼於健康風險評估是在營運才完成，但環評法第14條規定，必須「事先」做評估，釐清楚對健康的衝擊，並研擬減輕對策後，權衡開發的利益與衝擊，基於充分完整資訊的資訊，或許還有每個委員意見不同，才有多數決這種民主機制，但在風險完全不知道的情況下，所做的環評結論，這樣的行政處份，司法當然無法接受，環保署在指責所有法律人時，請先自己把環評法第14條好好讀清楚。
環保署門口再度上演激烈抗爭場景，以青年為主的抗議民眾加上環保團體和后里居民，來到環保署門口，要求環保署長依法行政。民眾表示，以前台灣環保運動，街頭直接打打殺殺，今天很少看見，因為有環評制度讓人民相信法律、相信國家、相信行政，但今天環評制度破產，只好走回這樣的老路，是環保署逼人民走到這一步！
法律學者李建良表示，行政機關完全漠視法律，是法治危機，依法行政的原則，以及行政機關必須受法院判決約束，也完全被破壞殆盡，行政機關說了就算，沒有制衡的力量，人民尋求法院救濟，也完全落空。
詹順貴律師則認為，已經判決確定的案子，在歐美國家，行政單位還登報罵司法，一定是舉國譁然，署長下台。環保署破壞憲政體制，把三權分立變成一權獨大，這根本不是一個法治國家，尤其落在一個身為哈佛法學博士總統，所率領的執政團隊之下，更顯的荒謬。
環保署的作法，行政院不只默許，院長甚至公開挺廠商，不會讓中科三期七星基地停工，當行政權凌駕司法權，憲政體制陷入危機。
不只是中科三期，中科四期也開始打行政訴訟的官司，民眾抗議陳情的社會成本難以估算，追本溯源，如何讓環評制度免於政治力左右，客觀獨立審查，讓環評重新獲得人民的信任。
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