馬告國家公園的出現，主要是1998年前後，以生態保育聯盟為主的民間團體，在獲知棲蘭尚存大面積的原始檜木林，以及退輔會在經營的過程中，進行移除所謂枯立倒木，與樹頂遭風吹或雷殛而折斷之「欠頂木」，希望藉此能加速年輕的苗木生長，以避免「林相老化」的發生。但是，在處理過程中可能造成周邊林木受傷，並在拖離的作業中形成一條新的林道出來。此外，為了有利於檜木小苗的發育，進行「林相清除」作業，將原本底層各式各樣的灌木...等一律清除，形成單一林相的狀況。
環保團體基於山林保育的理念，希望政府能夠盡可能保護原始林，而透過人工林的經營來滿足台灣的木材需求。尤其是林務單位數十年來，投入數百億的造林經費，根據官方的數據累計，造林面積早已超過整個台灣，所生產出來的材積，應可有效的提昇台灣木材的自給率，而非再藉由原始林的採伐來取得木材。尤其是扁柏及紅檜，其人工經營可能要長達數十年至百年以上的週期，在台灣僅存的數量亦十分有限，更應該謹慎為之。因此，生態保育聯盟等加盟團體，改變了原先規劃的森林文化年的計劃，發動了保護棲蘭檜木的運動，呼籲社會大眾參與。
相對距離當時10年前的森林保護運動，環保團體的運作更為成熟，不只是提出了不同的意見，亦試圖提出替代方案供政府參考。例如，建議政府將退輔會販售檜木來取得營運資金作法改編成公務預算，將原先的伐木工人轉任為保育相關工作。並前往位於宜蘭的林場，與當地相關的工作人員進行溝通，但在「不砍檜木就會失業」的強力宣傳下，無法有效溝通。
後來，退輔會與林務局，為了持續進行棲蘭林區的經營，提出了檜木復育園區、檜木經營相關研究...等相關計劃。環保團體為此，經過初步討論之後，遂以成立棲蘭（馬告）國家公園為相對之替代方案。雖然，多數環保團體對國家公園的制度及現況仍有許多不滿，但在考量國家公園有相關法規的規範，並有國家公園警察的設立，比起其他的保護區，或森林遊樂區等的設置，對棲蘭檜木林的保存也許較有幫助。對應於林務局所提出的計劃，環保團體傾向採取設立國家公園的立場。在推動國家公園的設立過程中，環保團體認為原住民為山林保育中最重要的一環，因此，開始試圖與原住民社群接觸，並邀請原住民社群共同進行討論，雖然過程並不嚴謹，但可說是環保團體與原住民社群首度針對共同的議題進行較密切且實質的交流。
環保團體和與會的原住民社群，在會議上的共識僅限於保護棲蘭檜木，並要求退輔會停止以任何理由，採伐棲蘭檜木，並要求政府實踐其林政一元化的政策，請退輔會退出或轉型成其他組織型式來參與森林經營。關於國家公園的成立，雙方一開始在會議上即多所折衝，雖然在最後獲得原住民社群的同意，但仍有許多問題存在。其中，最大的問題在於現行的國家公園法，在當初立法的時空背景下，對原住民社群的權益並未給予足夠的尊重。雖然，環保團體結合立法院永續會的助理，想藉由推動國家公園法的修法來建立合法且合情的機制，回歸並保障原住民的權益。但在討論修法的過程中，原住民社群提出「自治」的要求，超越了國家公園法修法的範圍，形成修法或另立他法的不同意見。
此外，國家公園周邊的土雞城、民宿、別墅...等相關利益團體，透過其他立委提出要求國家公園開放周邊產業經營的法規修正，欲趁機會讓陽明山等各國家公園的土雞城...等就地合法化，導致了環保團體以及相關行政單位的緊張，遂暫緩推動國家公園修法的工作。修法不成，雙方的共識基礎並不足以構成國家公園的設置，再加上原住民長期處於弱勢，並屢被政府欺騙，而環保團體所提出的共管機制，在台灣亦無前例可循，並不足以說服原住民社群，再加上新的原住民社群及高金素等原住民立委的激烈反對，遂造成外界所看到的環保團體與原住民之爭。
陳水扁總統既承諾要建立馬告國家公園，亦承諾原住民自治的要求。當政策出現衝突時，所採取的策略是對馬告國家公園的態度傾向於籌備，但暫不設立。也就是一方面對支持成立國家公園的人有所交待；另一方面又對原住民強調，並未設立國家公園。雖為兩手策略，也是最佳的解套方式，但任由環保團體與原住民社群衝突，也可說是最不負責任的做法。
如果回到原點，保護棲蘭檜木林如果仍為各界最大的共識，那麼早在數年前行政院決議暫停枯立倒木的移除作業時，保護棲蘭檜木森林的工作，可說暫告一段落。在未獲得原住民社群認同之前，不妨暫緩推動馬告國家公園設立的行動，藉機進行新的對話，發展新的伙伴關係，在認同原住民文化及在地保育的理念有助於山林保育之的情況下，或許能從中找到新的山林保育模式。
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