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事實
中科三期案的開發單位是「中部科學工業園區管理局」（下稱中科局），提出「中部科學工業園區第三期發展區（后里基地─七星農場部分）開發計畫」環境影響說明書（下稱環說書），經由目的事業主管機關「行政院國家科學委員會」（下稱國科會），送環境影響評估之主管機關「行政院環境保護署」（下稱環保署），根據環境影響評估法由環境影響評估審查委員會（下稱環評會）進行審查。
環保署於95年3月17日辦理現場勘查，同年3月23日、4月12日、4月25日、6月2日和6月19日召開5次專案小組初審會議，於95年6月30日召開環評會第142次會議，決議本案有條件通過環境影響評估審查，並於95年7月31日以環署綜字第095等居民對不進入二階環評喪失其意見表示相關權利，屬於該行政處分之利害關係人具有訴訟權能。再者，上訴人主張原高等行政法院判決未命開發單位國科會中科管理局參加訴訟，屬違法判決，但最高行政法院認為，此僅使國科會中科管理局得對確定判決聲請重新審理，但並不使該判決違法無效。
環評會審查委員周晉澄在第4次初審會議中，指出911噸/年之VOC排放數據的不可信度相當高，因為開發單位提供的數據期間是面板產量淡季，自動連續監測值和定檢數據都不是產能量產的良好參考數據。換言之，檢測時的排放濃度為量產後之最低排放污染濃度，依此推估結果有明顯低估的問題。周委員在第5次、也是最後一次初審會議中，指出下列問題：(1) 資料不完整，背景污染物濃度調查失真，可能污染物排放濃度與排放量不夠精確，不是以最保守、最大產能來推估，反而以最低產能的污染排放來評估，(2) 國科會承諾根據VOC 911噸管制最大排放量，等於限制廠商未來營運必須以最低產能來生產，廠商能否接受，(3)開發單位未就健康風險評估部分，提出實際採樣和檢測計畫，只隨機單點採樣背景結果，除非有更完整的追踪與分析，無法完整呈現環境衝擊影響。
原告主張
本案原告為當地居民，主張本案的開發計畫屬環評法第8條第1項之「對環境有重大影響之虞」，應依該條進行第二階段之環境影響評估，而非以附條件的方式通過，環保署之審查結論應屬違法之認定，向行政院提出訴願，遭決定駁回，再向台北高等行政法院提起訴訟，法院判決環保署敗訴。環保署不服，上訴至最高行政法院，法院維持高等行政法院判決。
其主張理由，認為被告審查本開發案之環境影響說明書時，有諸多違法不當之處。包括程序問題：1.在審查時，政府高層對外表達本案應儘速通過之言論，影響政府機關代表投票決定；2.政府機關三代表未參與初審，卻在正式審查會時投反對票；3.正式審查會時主席不讓居民充分陳述意見。
其次，原告認為，審查委員會若決議「無重大影響之虞」而不願進入二階環評，須對相關質疑敘明理由回應，但環評審查委員會並未對各種質疑做出評估、判斷及理由說明，違反行政程序法第96條第2款行政處分「應記載理由」及環境影響評估法。而就該開發案究竟是否對環境有重大影響之虞，原告主張，初審委員賴幸媛立委、環評委員周晉澄教授、李根政、文魯彬、郭鴻裕等人之質疑，但最後表決時，以11票贊同附條件通過，8票認為應進入二階環評，通過該環評案，但並未對各委員質疑之答覆說明中清楚解釋為何沒有重大影響之虞。
法院判決
高等行政法院
本案高等行政法院所採取的判決理由，大致如下。首先，法院認為環境影響評估審查委員會對一階的環評審查，重點在於環評法第8條的「對環境有重大影響之虞」，而此屬於不確定法律概念。對此不確定法律概念，由於交由對於與環保風險效率預估或價值取捨之高度科技性判斷及獨立專家委員會進行判斷，故法院應肯定其具有專業判斷餘地；但判斷餘地仍有例外，當行政機關在恣意濫用及其他違法情事時，法院亦得加以審查。
法院隨後列出司法審查的情形，包括：(1)行政機關所為之判斷，是否出於錯誤之事實認定或不完全之資訊。(2)法律概念涉及事實關係時，其涵攝有無明顯錯誤。(3)對法律概念之解釋有無明顯違背解釋法則或牴觸既存之上位規範。(4)行政機關之判斷，是否有違一般公認之價值判斷標準。(5)行政機關之判斷，是否出於與事物無關之考量，亦即違反不當連結之禁止。(6)行政機關之判斷，是否違反法定之正當程序。(7)作成判斷之行政機關，其組織是否合法且有判斷之權限。(8)行政機關之判斷，是否違反相關法治國家應遵守之原理原則，如平等原則、公益原則等。
其次，台北高等行政法院特別強調和重視唯一具「健康危險評估專業知識」之周晉澄委員的意見，羅列周委員提出、但尚未處理的問題，例如國科會承諾的以VOC 911噸為最大排放量管制，該推估來自最低產能實測值，並未落在連續自動監測95%C.I中，甚至超出前面2.5%值，質疑未來無法有效直接快速的監控，證明本案確有對國民健康及安全造成不利影響之虞。法院認為環保署在開發單位未提出健康風險評估的情形下，有條件通過環評審查，構成「未考慮相關因素」，有裁量濫用的違法。環保署及環評審查委員根據不充足之資訊而作成有條件通過環境影響評估的結論，係「出於錯誤之事實認定或不完全之資訊」的違法。
再者，環境影響評估審查委員會有條件通過時，第5項條件：「五、開發單位於營運前應提健康風險評估，其中必須包含毒性化學物質緊急意外災害類比與因應及針對區內污染正常及緊急排放狀況下，對居民健康之影響提出風險評估及應變措施，送本署另案審查。如評估結果對居民健康有長 期不利影響，開發單位應承諾無條件撤銷本開發案。」法院亦認為，從這個附帶條件也可看出，本案確實對環境有重大影響之虞，應進入二階環評。故判決撤銷原行政機關之行政處分。
最高行政法院
本案環保署上訴至最高行政法院，最高行政法院原則上均肯定高等行政法院之判決。但對一些法院見解做出補充說明。首先，最高行政法院針對環評法公民參與的規定做出詮釋，認為第一階段環評無公共參與的規定，最後之說明會的目的是要減少實施開發的阻力，對開發單位並無任何效力。一階環評只是從書面形式審查開發單位的預測分析，過濾對環境有重大影響之虞的開發案，二階環評才進入較縝密、且踐行公共參與的程序。法院並強調只要開發案具有環評法施行細則第19條其中一款情形「之虞」，即應繼續進行第二階段環評，而非必須開發案對於環境「有重大影響」時，始足當之。
另外，針對上訴人環保署的上訴意見，質疑本案原告（被上訴人）之訴訟權能，最高法院認為原告等居民對不進入二階環評喪失其意見表示相關權利，屬於該行政處分之利害關係人具有訴訟權能。再者，上訴人主張原高等行政法院判決未命開發單位國科會中科管理局參加訴訟，屬違法判決，但最高行政法院認為，此僅使國科會中科管理局得對確定判決聲請重新審理，但並不使該判決違法無效。
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