日月潭要和西湖聯姻，卻因船屋林立煞風景，南投縣議員質疑難道船屋也是南投縣特產、西湖有船屋？南投縣長李朝卿坦承船屋確實有礙觀瞻，將集中管理並回歸漁筏用途，確保安全、美觀且符合環保標準。

日月潭船屋問題由來已久卻始終未能解決，在民意壓力下，有議員主張放寬船屋面積、高度限制，規畫為日月潭特色景觀；但也有議員認為，在美麗湖面上四處可見簡陋船屋，與湖光山色不搭調，要求縣府加強管理。

18日在縣議會臨時會中，船屋問題再度成為議員質詢焦點。議員質疑縣府要將日月潭與西湖「送作堆」，可是日月潭船屋充斥，與西湖「速配」嗎？再者，日月潭是大陸遊客必遊景點，船屋也讓美景大打折扣！

「台灣尚未加入聯合國，日月潭已先變成聯合國了」，日月潭漁民一語道破外來魚種繁多，且嚴重破壞本土生態的現況。日月潭的本土種奇力魚和潭蝦幾乎快消失，潭蝦的消失破壞食物鏈後，底質變差，相對也使水質變差。

環保署日前公布全國水庫水質監測結果時，特別提及原屬水質最好的日月潭水庫，去年水質退步，初步研判，可能與人為遊憩活動有關，不過，曾接受政府委託進行「日月潭防除外來魚種計畫」的國立嘉義大學水產系副教授賴弘智提醒，潭內生態破壞，食物鏈最底系的物種潭蝦被外來魚種吃掉，也會讓水質變差，值得相關單位去研究。

民間企業有意在日月潭水域發展水世界休閒產業如水域規劃、設廠等相關問題，六逸公司總經理25日前往縣府拜訪縣李朝卿請求縣府團隊協助，李縣長表示，有關未來發展水世界的相關水域管理及申請問題，縣府將向日月潭風景區管理處了解相關法令及管理辦法。

六逸公司主要生產電動腳踏車、代步車及水上休閒產品為主，南崗廠區以研發為主，產品擁有多國專利，並獲歐美各國休閒產業及國防產業重視。目前並積極研發推廣水上休閒產品，因此對知名度高且各方面條件均優的日月潭具有濃厚興趣，而李縣長與阮總經理透過日月潭空照圖，針對未來發展水世界的構想，共同討論有關設置地點的選擇，及未來日月潭的發展方向。

台灣最具觀光價值的日月潭風景區，近年來區內觀光飯店卻接二連三爆發廢汙水處理不當，已衝擊日月潭水質，包括知名的頂級飯店涵碧樓等四家觀光飯店均被環保署開出罰單。

環保署表示，日月潭是國家的門面，不容業者違法破壞水質，明年起已鎖定日月潭區內觀光飯店，列為優先稽查對象。

環保署指出，日月潭區內符合水汙染防治法管制對象的飯店有六家：涵碧樓、日月潭教師會館、天廬育樂、日月潭青年活動中心、水沙蓮飯店、中信酒店。

日月潭大頭鰱最近長得多又肥，容易上鉤，吸引大批釣客下桿，隨意一釣都有甚多漁獲，釣客接踵而至。縣府保育人員11月30日指出，日月潭水域由台電管理，縣府會適時了解情況，分析是否有管制必要，再建議台電與縣府會銜，公告禁止釣小魚。

入冬後，釣客發現潭區的大頭鰱數量甚多，不乏20、30台斤以上大魚，不少釣客在下桿區投下魚餌，讓大頭鰱魚群聚集後，只須在釣桿上結上10多付鉤子，多數釣客都滿載而歸。因潭區釣魚一直未設限，多數釣客不分大小魚通通帶走，地震前，區內漁源一度快枯竭；如今恢復，又見眾多釣客，恐怕短期內魚源將再度枯竭。

南投縣日月潭地區，百年來傳述有一種「白魚」，不過學術界除了1張標本照片外，長期苦覓不著活體，一直到84年，農委會特生中心在埔里一處茭白筍田溝找到7條，才證實牠們確實存在。發現地，也是目前僅知的原生育地。

特生中心副主任彭國棟表示，最近確實有發現幾處新的分布點，且與釣友描述大致吻合。不過他強調，以全球面向觀之，牠還是全世界育地最狹窄的魚類之一，隨時可能滅絕，保育上面臨急迫性。

白魚又稱台灣白魚，中名為「台灣副細鯽」，是本島鯉科副細鯽屬中惟一種。1908年由魚類學者Regan在日月潭發現，1922年日人大島再度採樣，此後就像已消失物種，只有名稱、特徵描述和1張標本照片，成了學界最好奇的神秘魚類。

農委會特有生物研究中心針對外來魚種調查，發現全台51條重要河川，僅宜蘭與花蓮交界的和平溪、屏東縣楓港溪，尚未發現外來魚種，其他河川、水庫、湖泊全面淪陷。

特生中心表示，造成外來魚種進犯全台水域的主因，在民眾任意放生、放養。部分外來魚種幾乎沒有天敵，快速繁殖結果，已造成部分河川、湖泊的原生魚種幾乎消失。和平溪及楓港溪能「倖免於難」，推斷和兩溪水流湍急，且地理環境不利民眾放生有關。

至於已全面淪陷的湖泊、水庫，影響最烈的首推日月潭。助理研究員蔡奇立指出，日月潭外來的玻璃魚，胸腹背有硬刺沒有天敵，已造成原生種奇力魚迅速消失。日月潭區漁會因漁民反映奇力魚源銳減，已影響漁民生計，2005年委託嘉義大學水產生物學系教授賴弘智進行研究，至今仍無有效對策。

日月潭是大陸遊客來台旅遊重要景點之一，國內也希望塑造成國際觀光景點，並且已經成立風景區管理處，不過，因為有多個單位管轄，事權無法統一，而無法立即改善，最近日月潭正在整修拉魯島，大觀發電廠配合降低七公尺的水位，不料，水位下降，日月湧泉附近，有大片淤沙，造成遊艇有時候會擱淺，而水社碼頭到八角亭之間，邊坡也有多處破損，台電利用此時，準備修復。

不過，淤沙問題，各單位看法不一，還無法立即解決，至於飯店污水直接排入日月潭，是潭區大家都知道的事情，主要是因為污水處理廠還沒有完工，正在興建中，而環保單位目前對其中排放量比較大的幾家飯店進行列管，污水初步處理後，才排入日月潭。

南投日月潭地標拉魯島，在921地震時坍塌，面積只剩不到20坪，經日管處斥資3800多萬元經費，3月初展開島體加高、加大工程。為配合拉魯島展開整建工程，日月潭水位已下降至743.5公尺，但因水利署對工程有所質疑，距施工最低水位尚差2公尺，工程2日暫緩。

日管處說，拉魯島整建工期為8個月，原預計最快11月底完工，原設在拉魯島周圍的浮排將拉回原位，2008年初開放遊客登上浮排觀賞拉魯島。完工後，拉魯島在滿水位時的面積，將從20坪擴增至160坪，高度也將增加2公尺，還將增設白鹿傳說意象與燈光設施。