兩岸直航、陸客來台，台灣的觀光旅遊即將邁入新一波高峰，一批批遊客上山，讓阿里山成為政府規劃開發的重點地區，但阿里山「三合一BOT案」卻讓以高山鐵道聞名的阿里山小火車面臨岌岌可危的窘境。拿下阿里山三合一BOT的宏都公司，似乎有意藉著「天災」事件，放棄營運虧損的阿里山鐵路，偏重在獲利較佳的山上飯店和支線。
19世紀初日本人發現阿里山蘊藏大量檜木，伐木工人為謀生而上山，阿里山森林鐵路於1912年開始營運，最初為運送木材，後因保育觀念的提倡，鐵道轉為阿里山地區的交通工具。阿里山山脈以高山森林景觀、人文特色、登山鐵道聞名火車以Z字型方式往返登山，時而前進時而倒退，到沼平車站為只共有4次，為著名的「阿里山火車撞壁」，到阿里山坐小火車看日出一直是台灣旅遊的重要行程之一。
阿里山「三合一BOT案」經過合法程序，於2006年1月通過民營化招標，嘉義宏都建設以唯一參與投標者，取得阿里山鐵路及沿線各場站的委託經營OT（營運、移轉）案、阿里山森林遊樂區2.2公頃興建國際級觀光大飯店BOT案、嘉義市北門車站0.9公頃土地開發案，預計投資新台幣17億元進行三合一開發案。宏都公司於2007年7月正式接手森林鐵道北門車站，2008年6月19日正式接手營運森林鐵路，2010年開始經營旅館。
然而阿里山森林鐵路過去曾於2003年3月1日沼平、神木站區間列車於里程70 Km+582m處傾覆，此次事故共死亡17人、輕重傷者202人，林務局才開始重視鐵路營運養護程序；2008年3月底至5月又接連發生4次脫軌事件，2008年6月16日，於阿里山三合一BOT案移交前3日，環保團體、阿里山鄒族居民召開記者會踢爆宏都公司火車駕駛中，僅9名有駕照，其餘的7成駕駛完全沒有合法的火車駕照，環保團體痛批：「簡直是拿人命開玩笑！」
阿里山社區發展協會總幹事廖景泰則表示：「阿里山森林鐵路維修保養的難度和專業要求，連有數十年經驗的林務局，都無法避免意外發生，更何況是毫無經驗的宏都公司，如果再發生一次重大意外事故，阿里山的觀光就完了。」6月19日宏都交接當天，阿里山當地的民間團體前往現場抗議，居民不滿農委會林務局對他們的開發限制多多，但對財團的BOT卻大開方便之門，「出軌謀殺、草菅人命！圖利財團、林務局違法！」70名阿里山當地的居民、農民和原住民高喊口號，在立委林淑芬的帶領下突破警方封鎖線，直闖阿里山鐵路北門站的軌道，並在軌道上躺下進行象徵性的臥軌抗議。
此開發案除了鐵路安全備受質疑之外，仍有其他問題：
1.依據鐵路法規定，鐵路移轉經營，需經交通部核准，但至今為止林務局和宏都公司仍未提出交通部的核准函，也遲遲不肯對外說明。
2.前環評委員、全國律師公會主任委員詹順貴表示，阿里山三合一BOT案包括阿里山森林鐵路、北門車站，以及沼平車站旁觀光旅館，目前觀光旅館的環評尚未通過，卻先移轉森林鐵路經營權，恐將涉及違法。
上述問題尚未解決之際，2008年10月12日阿里山森鐵23.4公里即樟腦寮附近路段發生了地層滑動，長達70公尺路基流失，滑落近百公尺深山谷，僅剩鐵軌如吊掛鋼絲懸掛半空中，險象環生。
據指出，林務局與宏都簽訂每年3000萬元「天然災害修復基金」中，林務局、宏都以8：2的比例負擔，此與OT由民間維修營運，特許一定年限之後再移交給國家，營運期間業者必須負擔興建、維護成本的精神有極大出入。而此次樟腦寮段發生地層滑落，搶修費用6000萬元，因宏都及林務局對該起災害搶修是否動支森鐵天然災害基金意見相左，致搶修工程，動彈不得。
林務局認為，森鐵走山係天災所致，屬於天然災害基金動支範疇，希望宏都同意從該基金支付，但宏都不苟同。宏都認為，森鐵路基因走山滑落雖是天災，但期間有因果關係，數年前颱風過後，當地野溪水文出現變化，林政單位未進行保固，治山防洪明顯有疏忽，政府的過錯要民間善後並不公平，主張該筆修復經費由林務局全額負擔，用「修復爭議」停止修復，讓鐵路停止營運。
根據內幕消息指出，宏都公司目前財務困難，希望藉此精簡鐵道人力開銷。而宏都員工的對外說法，在12月15日之前，公司採取輪流工作制，或重新調派工作。旅館BOT環評預計將於近期舉辦，某名不願具名的學者猜測，如果環評沒過，宏都公司下一階段的目標可能是向政府索賠，或是重新環評。
不論旅館環評是否通過，阿里山鐵路的營運都面臨嚴峻的挑戰。該不具名學者指出，旅館的BOT還可以討論環評是否通過，但鐵路OT的經營權在宏都公司手上，不願用心經營鐵路的宏都，恐將讓阿里山鐵路成為消失的文化資產。
當初林務局急著想把阿里山森林鐵路這個燙手山竽OT出去時，為何沒有考慮到這些？而宏都公司的短視近利，將阿里山鐵路的歷史文化意義拋諸腦後，又叫人如何相信其飯店真能秉持回饋當地居民、不破壞生態環境的原則經營？
