東沙環礁國家公園是台灣第一座海洋型國家公園，也是台灣海域唯一發展完整之珊瑚環礁。由於位處南海北部中央的位置，受多股海流與大氣的交換循環影響，且較少受到人為開發的衝擊，使得東沙環礁成為海洋學研究的極佳地點。營建署海洋國家公園管理處（簡稱海管處）與中研院上（1）月起展開為期二年的合作，將嘗試解開海洋、大氣作用與全球暖化的關連之謎，研究結果也將作為國家公園保育計畫的基礎資料。
海管處表示，這項與中研院環境變遷研究中心的合作計畫，將以現場研究船調查、裝設錨定式監測系統、實驗室模擬 （simulation）、衛星或飛機遙測（remote sensing）及數值模式（numerical modeling）等方式，對東沙及南海水域進行長期性的調查。
這項研究成果，將有助於人們對「全球氣候變遷」及「大氣過程與海洋生物地球化學的偶合」機制的瞭解，解開海洋與大氣間的交互作用與全球暖化間的關連性，也有助於海管處對東沙環礁國家公園海洋生態的瞭解與保育計畫的制訂，可謂是相得益彰。
海管處進一步解釋，所謂要理解「海洋與大氣間的交互作用與全球暖化間的關連性」，包括下述科學家關切與亟欲瞭解的課題：
（一） 南海的颱風及內波（internal wave）效應，是否有助於降低大氣中的二氧化碳濃度？
所謂內波，在海洋學上是指水面下的波動現象，是一種因海水密度垂直分層所引發的一種重力波，可使水體產生大幅度垂直或水平位移，是造成海水混合或輸送的主要原因之一。
南海多颱風並具有全世界最強烈的內波，二者分別源自於大氣作用及海洋內部作用，但均能有效地將海洋深層的營養鹽抬升至海洋表面之有光層，而被上層水體之浮游植物吸收利用，提升光合作用（即吸收無機二氧化碳）的能力。因此，探討「南海的颱風及內波效應，對於降低大氣中日益升高的二氧化碳濃度的有效程度？」，將有助於解開氣候變遷的影響。
（二） 營養鹽是否能有效地提升光合作用，進而降低大氣二氧化碳濃度？
每年春季緣自於中國的沙塵暴及東南亞的生質燃燒（biomass burning），可透過大氣的長程運輸，將營養鹽沈降於南海的上層水體。這些營養鹽是否能提升光合作用，進而降低大氣中二氧化碳濃度，也是另一個重點。
（三）海洋水質的酸化是否會成為東沙珊瑚礁系統的另類殺手？
全球二氧化碳的持續升高造成海洋酸化現象（ocean acidification），已為全球環境生態變遷最受關切的議題之一。由於珊瑚礁生態系的主要化學成份是碳酸鈣（CaCO3），而酸度增加會阻礙碳酸鈣的產生與堆積，直接的影響珊瑚的生長，甚至引起其溶解而導致珊瑚礁的瓦解。因此，海洋水質的酸化是否會成為東沙珊瑚礁系統的另類殺手，尚待科學家們的研究驗證與尋求解決之道。
海管處表示，加強建立保育研究之伙伴關係是東沙環礁國家公園未來的方向，未來亦將依循這個模式積極與更多研究單位團體合作，結合各階層的資源來使東沙環礁國家公園經營管理更為完善。
