當馬政府急於在短期間內振興經濟，並窮於應付民進黨立委出招之際，我國海洋生態卻在農委會錯誤決策下，正面臨一場新的浩劫。
馬政府於520上台，農委會5月22日就發布「兼營珊瑚漁業漁船應行遵守及注意事項」，5月24日即行生效。該法規命令之目的並非在強化漁船兼營珊瑚漁業之管理，反而是變相大舉開放漁船採撈珊瑚之許可，並劃出總面積達7,811平方公里的五塊海域作為珊瑚漁船作業之漁區。
回顧民國95年6月29日，當時民進黨政府之農委會蘇嘉全主委宣布「新農業運動」，將「嚴重危害生態之漁業，三年後全面禁止」納入為政策目標諸項目之一，並在漁業署堅持執行民國78年（國民黨執政）時所修訂之「漁船建造許可及漁業證照核發準則」之下，至民國96年初時，全國領有珊瑚漁業執照之漁船僅剩三艘，使得我國逐漸全面禁絕珊瑚漁業已有達成之機會。
民國96年2月2日農委會漁業署發出「呼籲勿違法採捕珊瑚以維護生態系資源」新聞稿中指出，「由於珊瑚之生長遲緩，且漁場有限，一經捕撈，短期內難以恢復」，但「國內珊瑚漁船則大都採捕紅珊瑚（深海珊瑚之一種，屬柳珊瑚類，俗稱寶石珊瑚）。紅珊瑚雖未列入華盛頓公約(CITES)附錄之保育物種，惟目前我國珊瑚作業方式係沿襲、改良古老之採擷方法，選擇性差，除將嚴重破壞海洋生物據以生存之珊瑚生態棲地外，亦有採捕到CITES附錄所列之珊瑚之虞」。同一新聞稿中，漁業署亦指陳國際社會之作為，並希望朝國際規範方式推動珊瑚漁業之管理。
新發布的「注意事項」中，不僅新開放珊瑚漁船96艘，且自明（98）年起再逐年遞減，但未列出遞減之速率，不僅使得民進黨執政時欲在98年6月底前全面禁止嚴重危害生態之漁業的努力完全落空，並可能使珊瑚漁業就此「永續」不絕。在「注意事項」及所附申請書與漁撈日誌表格中，未見對漁具漁法之選擇性有任何規範，所報「漁獲量」中亦僅需要呈報「重量」（公斤），並未對株徑大小或高度等規格及總採捕量有所限制，除船位通報外，亦未有其他任何作業監督、查察之規定與作法。在此種幾近全面放任的開放下，我國周邊海域珊瑚群落已然面臨一場浩劫。
國民黨甫一執政，立即大開海洋生態保育之倒車，令人深惡痛絕。此間反映出農委會決策高層心中毫無國家「永續發展」之念，卻只懂得屈服於地方勢力及立委關說之壓力。馬總統宣示「藍色革命，海洋興國」，要的是在海洋上有革命性的新思維與新作法，並能夠因此而振作國家的海洋權益與海洋產業，而不是要農漁機關以一種近似放任的行政方式，縱容漁業經營者追求一己的短期利得，亦不是要農漁機關與漁會「同穿一條褲子」，一起高唱「弱勢」並尋求救濟的，而應是作為漁業行為與漁業產業的「管制機關」，創造優質且強勢的法政環境，讓漁民成為海洋生態的守護者，而非問題的來源。
