10月21日，在梅姬颱風與東北季風的共伴效應之下，令蘇花公路發生了開通以來最嚴重的崩塌意外，震驚全國。驚人的單日降雨量造成蘇澳往東澳的路段(112.8公里至116 .1公里)山壁土石與路基大規模滑落，導致69輛客、貨車與遊覽車約400多人受困、26人死亡的慘重災情。失蹤者包括21名中國遊客與1名中國籍導遊，而道路亦中斷25天。
慘痛災情引起民情悲憤，大大影響進行中的「蘇花改」環評審查。11月1日，環評專案小組第二次初審會議時，於率領數千名花蓮鄉親北上陳情，在環評會場外怒吼。同一時間行政單位亦以最高的行政效率推動環評，10月18日、11月1日兩次環評初審過關， 並於11月9日環評大會做出「有條件通過」的結論，預計年底發包，2017(民國106)年完工。
11月1日，傅縣長帶領600多名鄉親搭乘遊覽車，走南迴經西部公路北上，歷時14小時開車北上，突顯花蓮北上唯一聯外道路受阻。其餘人員則於清晨自花蓮搭火車到羅東，再改搭遊覽車到達台北。民眾一路高喊「蘇花改動工，還我蘇花高」口號、高舉「讓我回家」的白布條遊行示威，最後包圍環保署，對環評會議施壓，傅縣長揚言，若無明確的結果就不回家。當晚第二次專案小組環評初審即過關。
「蘇花改」全名為「台九線蘇花公路山區路段改善計畫」，針對蘇花公路三處易坍方、易肇事路段，興建8座隧道及13座橋樑來改善，此三段為蘇澳至東澳段、南澳至和平段、和中至大清水段，通過蘇花海岸、觀音海岸、清水斷崖等三個自然保護區，經過13個斷層帶以及17項環境敏感區位。這條耗資465億、在台灣最複雜破碎的地質上，開發總長38公里的道路，尚有諸多爭議未釐清，而環評程序亦飽受批評。
最受矚目的是地質問題。公路單位堅持援引舊北迴鐵路地質鑽探資料為依據推估，然而外界抨擊該資料推估並不精確，且調查預算只佔總工程的1%。對此11月4日交通部長毛治國表示，交通部對地質已充份掌握，蘇花改路線與鐵路、公路、和之前的蘇花高位置相近，過去蒐集的資料足以判斷蘇花改地質，但部長也坦承，蘇澳到東澳段確實是高難度的挑戰，因此無法保證在2017年完工。此外，環評報告書中對於湧水問題之處置、生態調查也不夠詳盡。
花蓮人渴望一條安全回家的路，然而，環保團體與部分在地人士長期以來一直建議，不要將選項侷限於公路，讓「安全回家」的路不只一條。此次風災令公路與鐵路雙雙受阻，鐵路在24小時內就恢復通車，並加掛車廂，增加約8千人次運量，紓解蘇花公路中斷期間之影響，足見鐵路運輸之長處。但交通部在鐵、公路的資源分配不均，使得台鐵難以大幅改善運量。而蘇花公路除了坍方危險，沿途卡車、遊覽車等往來也是行車危險因素，其中載運砂石的佔重貨車中的五成，混凝土則佔3成。砂石車業者表示，儘管海運和鐵路較划算，但台鐵沒有加班車，和平一帶海運裝卸問題未能解決，砂石車運量無法全部轉移。
多元運具的理想未能落實，地質問題未詳盡，爭取蘇花高時，地方政治人物更將花蓮人的就業機會、醫療需求、弱勢福利問題全歸咎在一條蘇花公路。而隨著蘇花改過關，研議中的《東部發展條例》預計也將對花東帶來天翻地覆的影響。快速通過的環評審查未能解決諸多爭議，但終將改變花蓮未來的面貌。
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