炎炎夏日，能在海邊沙灘戲水，是國人一大盛事；小琉球自然原始的景色、漁村風情，更吸引大批民眾前往觀光；而夜間溫度稍降，潮間帶夜觀更讓岸邊人頭鑽動。然而，龐大的人潮，持續不斷地走訪、踩踏，甚至還有民眾隨手賞玩、帶走螺貝蟹類，以及海膽，讓當地民眾擔心生態遭受破壞。
隨著光觀人潮增加，台電、台灣自來水公司不斷為小琉球加碼，大鵬灣風景管理處也針對綠蠵龜產卵期加強取締水上摩托車、拖曳傘、香蕉船等，潮間帶生態卻乏人問津。遊客到了潮間帶把螺貝類都帶走了，連海膽也帶走，造成當地生態失衡。「海膽是吃藻類的，但卻沒有人可以回答多少隻海膽才夠。」當地業者阿龍（化名）表示，或許目前不知道影響是什麼，但若不及時保育，恐怕生態破壞了無法修補。
屏東縣政府雖已於2010年5月27日根據漁業法第44、45條公告，除了保育類動物依據野保法外，其餘潮間帶生物依據此法不得撈捕。這項行政命令雖公告於電子與平面媒體，卻未依照行政程序法立牌公告，因此無法執法。當地遲遲無法可管，執法失依，民眾憂心，再這樣下去，潮間帶生態岌岌可危，而這是小琉球觀光業者賴依發達的主打項目。
當地管理單位眾多，鵬管處、縣政府、海巡署各負責不同業務，雖有保育警察的編制，但執法需會同相關單位，然而公務機關下午五點半一到就下班走人，這時候夜觀才要上場。
當地業者阿龍表示，因為夜觀，旅客大增，小小一個小琉球，聚集了75家民宿業者，帶來人潮，也帶來垃圾以及污染，潮間帶夜觀人數未控制，相關的廢水卻未處理，成了生態危機。大鵬灣風景管理處已委託學者進行調查，即使如此，未來如何規範遊客，是不是要有數量的管控、如何收費，業者是否同意等等，還有很多挑戰。阿龍認為應成立聯合查緝小組，讓事權統一，才能落實管理、執法。
阿龍也說，當地還可以充實其他旅遊項目，例如全島生態導覽、建築廟宇、漁村文化；當地最具特色的撈捕方式延繩釣，幾乎使得每年的第一尾鮪魚都來自小琉球，這麼具有特色的漁村文化更值得推展，讓觀光為當地漁民創造經濟效益。
當旅遊的選項增加了，就不會集中在潮間帶；此外，增加多天數的套裝旅程來控制人數，一個人可以在島上待個3天2夜，讓旅遊更精緻，民宿業者以及生態承載的壓力降低，
對此屏東縣政府農業處漁業科科長吳憲昌表示，本案因漁民抗議，遲遲無法立牌告示。至今持續溝通協調，近日已修訂設立水產資源保育繁殖區，定稿這兩天就會送漁業署。
觀光傳播處處長鄞鳳蘭則表示，水產資源保育繁殖區畫設之後，將依據《發展觀光條例》第2條第5款，指定多仔坪為「自然人文生態景觀區」，這在國內大概是首創。依法，「自然人文生態景觀區」遊客必須經專業導覽人員陪同才可以進出，違者可能遭罰，金額高達30,000元。
民眾在潮間帶將螺、貝、蟹類，甚至海膽等生物，放在手心賞玩，都是破壞生態的作法。鄞鳳蘭表示，重要的不是罰款，而是建立民眾的保育概念。「小琉球觀光起步不久，但為了永續觀光產業，一開始就應將漁業、自然人文、景觀的永續考慮進來。」推動過程必然遭遇阻力，縣府將與民宿業者及居民持續溝通，鄞鳳蘭期待民眾也能秉持愛惜生態的心態走訪小琉球，讓小琉球持續美麗。
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