基因工程作物已經佔據了美國棉花、大豆和玉米種植的主導地位，三種作物都達到總種植面積的85%以上。
這些基改作物中的大部分都具有抗除草劑性能，既能除掉入侵性雜草、防止作物損失，又能避免作物受到農藥傷害。
在理論上，這一方式能減少農藥用量，為農民省錢；還能減少過度使用化學物產生的負面環境影響，也就是減少野生動物的死亡。
無論基改作物的支持者還是反對者都承認，上世紀90年代基改作物在美國的引進，特別是由孟山都公司開發的抗草甘膦（Roundup-ready）作物大行其道，帶動了農藥用量的下降。
但是，華盛頓州立大學Charles Benbrook最近的研究發現，基改作物的推廣與抗除草劑雜草的增加以及為了控制它們的農藥用量之間是成正比的。
各家生物技術公司都承認最近5年來除草劑的用量的確開始增加，但它們否認原因在於基改作物。
來自一家支持基改作物的諮詢公司PGEconomics的格蘭漢姆•布魯克斯表示：「過去五年中美國除草劑用量呈增加趨勢，原因之一是農民遇到了抗草甘膦雜草的問題，這一點沒有任何人提出異議。但是，這個問題與基改作物無關。非基改除草劑的抗藥性問題一樣嚴重，甚至更嚴重。」
「超級雜草」的崛起
就在媒體爭論的焦點還集中在基改作物的安全性，以及像孟山都這樣的生物科技巨頭控制種子市場的時候，與基改作物相關的雜草抗藥性問題，即所謂的「超級雜草」已經悄然進入人們的視野。
據國際最新抗藥雜草調查估計，美國目前被抗草甘膦雜草入侵的耕地有約1600萬英畝。而同時也在美國為「有機中心（the Organic Centre）」工作的Benbrook認為這一面積更可能高達6000萬英畝。
他預測說，未來2到3年，美國將有2/3的農田染上抗草甘膦的雜草。他還說，基改企業應該更公開地承認美國大規模轉向依賴草甘膦農藥的基改種子的負面因素。
但生物技術企業不以為然，聲稱雜草抗藥性的問題被「小題大做」了。
布魯克斯估計，美國存在雜草抗藥性問題的農田只有5%到10%，遠遠低於Benbrook的預測。他還說：「如果這真的成了農民的一個大問題，他們早就把基改作物扔到一邊了。」他認為農民在過度使用農藥和沒有進行正確農田管理方面確實要負責任，還認為農民應該開始考慮在數年內種植非基改作物，以便遏制雜草抗藥性問題。
對全球農業來說，關於基改作物確實給農民帶來麻煩，迫使他們使用更多農藥的說法已經成了對抗基改技術的一個有力論點。
「基改作物的問世徹底改變了對雜草的控制……將雜草抗藥性從一個很容易就能解決的問題變成了農民們的全球性危機。」Benbrook斷言。
他還說：「在農業歷史上，從來沒有對哪種除草劑的抗藥性傳播得這麼遠、這麼廣、這麼快，並且給農民和農村社區帶來了如此複雜的經濟和環境後果。」
針對自然的「軍備競賽」
生物科技遊說集團美國全球生物技術工業組織（the Biotechnology Industry Organization）聲明，他們「堅定地支援生物技術的環境效益及其在解決日益增長的人口吃飯問題中發揮的作用」。
但與此同時，生物技術企業都在忙著開發更強有力的化學品，以剷除那些對現有農藥具有抗藥性的雜草。陶氏公司（ Dow Agrosciences）準備培育一種新的基改作物，抗一種以在越戰中極富爭議的橙劑為主要成分的農藥。
陶氏公司說化學農藥的使用對維持糧食產量至關重要，「多年來農業除草劑的使用量一直在穩步上升，如果沒有新的農業技術來遏制抗草甘膦雜草的話，農藥的用量只會更加不可收拾。」
面對藥性越來越強的農藥「軍備競賽」的不斷升級，著名科學雜誌《自然》對其長期效果也持懷疑態度。
「由於過去十年中孟山都公司抗草甘膦作物和類似基改作物的廣泛引進，農民可以更隨意地使用草甘膦，雜草抗藥性問題已呈愈演愈烈之勢。」2012年5月《科學》雜誌上的一篇文章如是說。愛荷華州立大學的農學家馬特•裏布曼也表示：「要維持下去的話，普遍的做法是改用另一種除草劑和基改作物。許多分析都認為這種方式非常短視，而且註定失敗。」
Benbrook和同道們的解決方法不是研究更多的化學農藥和基改作物，而是擺脫單一栽培和對基改技術的依賴。他說，孟山都公司的抗草甘膦作物造成了對「單一雜草治理工具——草甘膦除草劑的過度依賴，」是一種「壞」的雜草治理方式。而且這種技術助長了農場擴大化、單位產量人力減少化的趨勢，這也是不利的，至少在某些人看來如此。它促進了專業化，但卻削弱了耕作模式的多樣性。
「簡而言之，農民們必須實現雜草治理工具和手段的多樣化。要減少具有抗藥性的雜草和害蟲，有兩種方式：一種是運用輪作，每季種植不同的作物，使用不同的耕作技術，打破有害植物和昆蟲的迴圈。另一種常常被忽視，就是一塊地噴多種除草劑。農民們不應該年復一年只用草甘膦，而是應該將多種除草劑混合使用，這樣雜草種群就會面臨作用模式截然不同的除草劑，難以產生抗藥性。如果玉米和大豆生產者每三年只用一次草甘膦的話，很可能就不會產生雜草抗藥性問題了。」
