行政院長劉兆玄說南澳到和平路段，環評爭議較小；但一位環評審查委員卻指稱，蘇花高沿線隧道都有湧水問題難以克服，國工局在環評時根本提不出解決辦法，幾年過後可能造成地下水枯竭；此外該路段通過三個環境敏感帶，要說環評爭議小恐怕不盡然。
台灣綠黨、台灣環境行動網協會、荒野保護協會、化作春泥更護花聯盟、太魯閣學生青年會等環團代表約廿人昨天上午赴行政院抗議，批評行政院決策粗糙，玩弄文字遊戲，讓換湯不換藥的蘇花高過關。
綠黨秘書長潘翰聲表示，國工局曾提出「以蘇花高隧道，取代現有蘇花公路最危險路段」，「南澳與和平都設有交流道，可順利銜接蘇花高」，這正是蘇花高最核心的部分。他直指新政府企圖「化整為零」，以「頭過身就過」的方式興建蘇花高。
從蘇花高89年通過環評時，就擔任環評委員，之前也是蘇花高環境影響差異分析專案小組審查委員的專家學者昨天指出，蘇花高沿線共要興建11個隧道，單單南澳到和平路段，相距不超過20公里就有3個隧道，不但位處地質破碎帶，也有湧水問題。
該名專家學者說，蘇花高沿線只要開鑿隧道，幾乎都會如同雪山隧道一般，導致地下水汨汨湧出，有的水量豐富更會如同小河川，若水脈方向是流往陸地，一旦因工程開挖以致水脈斷裂，當湧水量大於蓄水量，幾年後很快就會造成地下水枯竭。
資料也顯示，蘇花高共經過17個環境敏感帶，單在南澳到和平路段就有3個，除通過蘇花海岸一般保護區，並通過觀音海岸自然保護區、行經國有及保安林地，可能干擾到當地野生動物。
至於蘇澳到南澳路段則爭議性更大，該路段沿途經過斷層包括南澳、東澳、猴椅山、小帽山、九股山等。途中規畫開鑿新永春隧道，可能影響當地水脈，造成嚴重湧水，並路經數個自然生態保護區。
但國工局對此均不願表示意見，僅強調「南澳到和平」的環保爭議較「蘇澳到南澳」少，若開挖「蘇澳到南澳」段，外界對冷泉、湧水問題會有疑慮。國工局說明，不論興建道路會經過幾個環境敏感區，都會有相關對策。
