無視於外界爭議不斷，眾多疑點待釐清，10月14日，中科四期二林園區環評初審，仍執意強行過關。
根據環評會議審查結論是，「舊濁水溪方案、濁水溪方案等兩項放流水方案，『均屬可接受方案』，請開發單位「充份考量」環境、技術、經濟、管理後，選擇放流方案。」也就是說，二林園區廢水可排入濁水溪，或是舊濁水溪都可以，但必須排到河口潮間帶低潮線以下。
據了解，二林園區中期（101到104年）預估廢水排放每天6萬噸，第三期(105年以後)，每日排放12萬噸。也就是說，依環評結論，從101年起中科的廢水就要用海洋放流排放。但中科評估做海洋放流工程需時六到八年，環評結論要求101年起要海洋放流，中科未來是否會以做不到為由提出「環評差異分析」要求修改廢水排放方式，環保署必須要求中科明確說明。
至於各界關心的化學品管制，環評結論第12點強調，必須依REACH制度「相關規定」，進行化學品管理。問題是，中科在環評書中只承諾化學品「登錄」，環評結論要求的所謂「相關規定」指的是什麼？並沒有具體說清楚。
依契約內容，未來中科調用農田水利會的農業用水並沒有上限，最多可能每天調用16萬噸（足夠中科百分之百使用）。前任環評委員陳光祖、郭鴻裕曾多次在環評審查時，要求水利會及中科應具體保證，引用農業用水後不會影響農作生產。若大度攔河堰工程遲未完工，二林園區就可持續調用農業用水？中科從未正面回應。
雖然眾多疑點都未澄清，主席鄭福田還是「建議」在加嚴格條件下，有條件通過環評。台大漁業科學所教授陳弘成回嗆，「我是學者專家，提供環評會意見，結論不要把我們幾位老師放進去。」陳弘成要求，中科未將三個方案列出來（廢水排濁水溪、舊濁水溪、海洋放流），應退回補充資料。包括水資源分配、抽地下水、回收處理也沒承諾。另外空污沒有好好規畫，生物毒性都沒講，將來會不會有綠牡蠣都不提。陳弘成堅持，放流水比農藥還要毒，中科卻只想省錢，打迷糊仗，「反對排到河口，這案要成立只有海洋放流。」
