環保署指稱高行政法院判決「有破壞現有環評體制決定機制的疑慮」，但在實際執行面上，現有環評決定機制卻早已被環境與法律界人士詬病有破壞環境評估法基本精神與最終目的之疑慮。
前環評委員詹順貴律師及多位環評委員便曾撰文批判現有環評決定機制的種種弊端，包含行政單位的「投票大隊」操弄多數決結果、開發單位風險評估報告避重就輕、廠商以「商業機密」為由拒絕提供完全資訊等等缺失，都已嚴重威脅環評審查制度宣稱的公平、獨立、客觀、專業立場。
而最高行政法院的對中科三期環評的判決等同於是宣告：環保署所捍衛的現有機制在實際執行之後，可能嚴重失靈、做出違反環評法精神之裁量。
淡江大學公共行政學系助理教授、德國馬堡大學法學博士劉如慧指出，仿自美國的台灣環評制度，在第一階段僅為開發單位提交書面報告、供委員過濾篩選，但這在美國的環評制度中其實只是前置作業，「根本不算環評」。在台灣，直到進入二階環評時才有公民與環團的實質參與，以及實質的環評審查。
除了中科三期案，新店安康垃圾掩埋場、新竹橫山鄉垃圾最終處理場等開發案，2009也曾遭司法機關判決對環境有重大影響而未進行第二階段環評。劉如慧表示，類似判例可看出行政法院對環評制度的見解已趨於穩定，傾向有「對環境有重大影響之虞的開發案，都應進入第二階段實質審查」。
然而，眼見現有環評機制恐做出違反環評法精神之裁量，甚而造成國土環境、人民健康之嚴重傷害，不少環保界與法律界人士紛紛自實務面與法律面提出批判與改進，卻未獲以「環境保護」為名的中央行政機關正視。
前環評委員詹順貴律師與台大職業醫學與工業衛生研究所吳焜裕副教授自嘲，自己早進了環保署的「黑名單」，現在大概只有「比較乖的」學者專家會被找入環評審查會，環評審查機制的專業與公正性，可見一斑。
詹順貴律師說，環評機制的程序已經「變質」，但變質最大的還是「環保署」。環保團體、學者專家與法律界的改革有志之士，正動員、號召更多關心環評制度精神的專家和公民加入討論，要挑戰這個環保署不檢討、也不反省上述缺失的現有環評審查機制，讓環評體制重回環評法精神，落實「環境保護之目的」。
